#rubisco capacity

[whats-in-a-sentence]

The metabolic processes referred to above take place in the palisade cells and spongy mesophyll of the leaf (Figure 9.1). (...) Below the epidermis, the top layers of photosynthetic cells are called palisade cells; they are shaped like pillars that stand in parallel columns one to three layers deep (see Figure 9.1). (...) In the interior, below the palisade layers, is the spongy mesophyll, where the cells are very irregular in shape and are surrounded by large air spaces (see Figure 9.1). (...) Sun and shade leaves have contrasting biochemical and morphological characteristics:

Shade leaves increase light capture by having more total chlorophyll per reaction center, a higher ratio of chlorophyll b to chlorophyll a, and usually thinner laminae than sun leaves.

Sun leaves increase CO2 assimilation by having more rubisco and can dissipate excess light energy by having a large pool of xanthophyll-cycle components (see Chapter 7). Morphologically they have thicker leaves and a larger palisade layer than shade leaves (see Figure 9.1).

"Plant Physiology and Development" int'l 6e - Taiz, L., Zeiger, E., Møller, I.M., Murphy, A.

[remussims]

CC Overview - year 2018

Ethylene I Imine I Polymin I In silico I MS2 I Isopropyl I Taxa I Tris I Extract I Redox I Interference I Structure I Cathenin I Casein I Mesenchyme I Fibrin I Plasmodium I Key I Mia Boots retexture

Female skins: 14 I 14 overlay I 15 I 15 overlay I 16 I 16 overlay I 17 I 17 overlay I 18 I 18 overlay I fantasy I 12 overlay 

Male skins: 9 overlay I 10 I 11

other: Nose mask 2 I Nose mask 4 I Nose mask 6 I Hairline 3 I Freckles 2 I Eyelids I Monster teeth detail I teeth detail I demon claws I cyborg set

Condition I Specificity I Mechanism I Chloroplast I Terminate I PAGE I Strain I Glycine I Compartment I Polymorphism I Neuron I Protoplast I FiJi V1 I FiJi V2 I iCLIP I Serum I Ortholog I Endocrine I Mutant I Microbial I Phosphor I Biogenesis I Abscisic I Thalia I Vesicle I Brassica I Spectrum I Fourier I Prime I Linoleic I Pathogen I Residue I Bentonite I Stimulus I Integrin I LEMO I Dioxide I Rubisco I Knock-in I Triticum

Blushes: Forehead marking I 15 I 17 I 19

Eyeliners: 13 I 24

Pet eyes: Cat 2 I Dog 2 I Cat Demon I Dog 4

Eyes: Solana I Hypoxia I Spin State I Seleno I Acrylamide I Tandem I Split YFP I Assay I Turnover I Alignment V1 V2 I Demon 2 I Extinction I Formation I Capacity I Antagonist I Density I Dipolar I Dark Soul I Plasticity I System I Oocyte I Melatonin I Hexamide I Syndrome I Analysis I Rorschach I Danio I Dissection I Exogenous I Testisin

Eyebrows: 6 I 10

Fatal I Astrocyte I Putative I Titration I Impact I Root I Cortex I Calibration I Modulation I Truncation I Cerebral I Homology I Repressor I Transposon

[laquimeradegupta]

TECNOCRACIA: La ciencia como herramienta de poder

Existe una falsa dicotomía entre ciencia y política. El conocimiento es una herramienta y, como tal, debe estar disponible para lo que el conjunto de la sociedad, decida en un debate necesariamente político, qué hacer con su destino. El actual intento de imponer políticas tecnocráticas debe acabar.

Ha llegado a tus manos un artículo científico que, aseguran los autores, demuestras definitivamente que las diferencias entre hombres y mujeres van más allá de las que podemos ver a simple vista: el cerebro de los hombres y las mujeres es fundamentalmente distinto. Lees el artículo completo y los datos parece irrefutables. A partir del momento en el que se termina la lectura de un artículo, ya sea sobre diferencias entre hombres y mujeres, o cualquier otra temática donde la política (la ciencia de la resolución de conflictos y del poder) y la ciencia (el resto) pueden pasar básicamente dos cosas: I) si el artículo apoya aquello en lo que crees, automáticamente pasa a ser una “prueba científica” de que estás en lo cierto. Tu ideología tiene, afortunadamente, una base científica. Te sientes fuerte y tu orgullo se inflama. II) Si el artículo no apoya aquello en lo que crees, buscas inmediatamente otros que, al menos, no apoyen las conclusiones del artículo. Los encuentras. Siempre hay investigaciones que apoyan, aunque sea de forma tangencial, un punto de vista u otro. Se repite el proceso de inflamación egocéntrica. Una vez llegados aquí, tomes la vía I o la vía II, el resultado final es la autoconfirmación de tus ideas. Exclamas con orgullo que tus prejuicios (aunque no los reconozcas como tales) están apoyados en sólidos argumentos científicos y que esa es la única verdad. Estás satisfecho. Cierras la web, el periódico o la revista en la que has encontrado el artículo (o los artículos que lo rebaten) y te vas a tomar un refrigerio. Te lo mereces porque has estado haciendo algo de provecho, ¿no? ¡No! ¡En absoluto!

Normalmente, cuando uno busca información sobre cómo realizan la fotosíntesis las plantas; cuan eficiente es la encima más importante en el proceso fotosintético (la RuBisCo); cuando uno busca artículos sobre qué tipo de dieta lleva una determinada población de vertebrados terrestres o qué hábitos de actividad sigue dicha población; cuando se busca algo de luz sobre cuan resistente es una determinada cepa bacteriana a un determinado conjunto de antibióticos, o si posee, o no, genes de otras bacterias que le confieren, o no, resistencia a dichos antibióticos. Cuando, en definitiva, realizas este tipo de búsquedas técnicas, no sueles encontrar demasiada información contradictoria. Es cierto que, en no pocos asuntos, se pueden hallar dos o tres conjuntos de hipótesis claramente diferenciadas y, cuyas conclusiones, en caso de verificarse a lo largo del tiempo (en lo que algunos autores han denominado “competencia de las hipótesis”), serán las hegemónicas y se convertirán en el consenso predomintante.

Y, pese a que cuando están todas las hipótesis en fase documental (en términos jurídicos) o, en otras palabras, cuando todavía no se han reunido suficientes evidencias de su veracidad o no se han aglomerado suficiente corpus teórico de consenso que las respalde, todas son plausibles y recibirán su apoyo, es habitual que, cuando la balanza se ha decantando hacia una de las hipótesis, las otras se abandonen o entren en lo que algunos autores llaman “las fronteras de la ciencia”: un lugar donde las hipótesis y cuerpos teóricos que las acompañan no han obtenido todavía respaldo empírico, pero aún conservan los métodos de la ciencia y someten sus nuevas investigaciones a los sistemas de control de calidad propios de la ciencia (Michael Shemer, en su libro homónimo Las fronteras de la ciencia).

Quizá uno pueda pensar que esto es exactamente lo que ocurre, también, en otros asuntos. Es decir, que es un proceso general ,tanto en la academia, como en la sociedad. Discrepar es saludable en sociedades democráticas y, poder hacerlo, expresarlo, argumentar e intentar persuadir de tus hallazgos y posicionamientos, es el núcleo de la libertad política. Pero hay algo especial que ocurre con ciertos asuntos. Asuntos a los que, normalmente, la academia suele, en primer lugar, mostrarle poco interés (en el sentido de sentir un impulso fuerte hacia la investigación y/o plantearse un cuerpo a cuerpo argumental e indagatorio con otros colegas y/o la sociedad). En segundo lugar, existe un pequeño número de científicos que sí les presta atención, y son muy activos en este asunto. No son los autores de las investigaciones, si no una especie de “relaciones públicas” de la ciencia, que glosan los hallazgos hechos por diversos investigadores en esta área y, por último, y lo que es el rasgo definitorio de estos asuntos, en tercer lugar, son temas que conciernen a toda la sociedad: por eso la mayor parte de científicos sufre alergia a adentrarse en estos asuntos (son espinosos y, sean cuales sean tus conclusiones, caerán sobre ti críticas e injurias que no convienen a una “prometedora” carrera investigadora); por eso existen los “relaciones públicas” (científicos que ejercen de representantes documentados de una determinada postura acerca de ese asunto): por eso son temas sobre los que todo el mundo puede, y debe, opinar. Son, al fin y al cabo, asuntos que nos conciernen a todos porque nos afectan directa, o indirectamente. El porcentaje de ciudadanos preocupados por la composición específica de las simbiosis liquénicas es muy bajo (nunca perderé la esperanza de que esto cambie). Es un hecho: los conocimientos que influyen poco sobre la sociedad, en general, y el individuo, en particular, movilizan poco, o nada, la opinión pública. Por otro lado, es completamente comprensible. Sin embargo, todo el mundo tiene una opinión sobre si las mujeres y los hombres son iguales, ya sea biológicamente hablando, desde el punto de vista del cerebro, en inteligencia, en la fuerza física, en los roles sociales, si esto debe cambiar, o no, etc. ¡Todo el mundo tiene una opinión! ¡Todo el mundo tiene derecho a tenerla, por poco fundada que esté! Esto es, lectores, la definición de política. La resolución de problemas que nos afectan a todos. Al menos, esta es una de las formas de entender la política desde Aristóteles. La diversidad de virus en el agua marina no es política (al menos, a priori). La producción agrícola en base a organismos modificados genéticamente, sí lo es. El comportamiento reproductor de los escarabajos cerambícidos, no es política. El comportamiento reproductor humano sí lo es.

Es muy común encontrar en el argumentario de ciertos “relaciones públicas” de la ciencia, a la postre, proselitistas de la tecnocracia, y de gobiernos de corte aristócrata, que las decisiones políticas deben tomarse de forma “científicamente informada”. De hecho, las posiciones más extremistas llegan a postular que toda decisión política toma “en contra” de argumentaciones “científicamente informadas” son ilegítimas. En realidad, estamos delante de una guerra de ideas. Aquellas ideas susceptibles de cambiar el statu quo son atacadas por considerarse poco científicas, mientras que aquellas que no lo alteran sí que gozan de un apoyo fundamentado pese a que, en rigor, todas las propuestas basan sus postulados y acciones en resultados avalados por publicaciones científicas revisadas por pares. Obviamente no hablo de propuestas pseudocientíficas que van más allá de las fronteras de la ciencia, si no de propuestas políticas que abogan por cambios de paradigma del sistema productivo. Por ejemplo, cuando se argumenta en favor de un modo de producción agrícola capaz de alimentar a todo el mundo se abren enseguida dos propuestas: I) la producción biotecnológica y II) la producción agrícola. La primera, mediante el actual sistema económico y de propiedad intelectual, favorece el oligopolio productivo, el aumento absoluto de insumos en los campos y las emisiones de CO2, mientras que el segundo simplemente no es posible en un sistema productivo capitalista donde la concentración de la tierra es enorme (la concentración de la tierra impide la creación de lindes, necesarias para la existencia de depredadores naturales que ayuden a controlar de forma orgánica las plagas) y donde la necesidad de un aumento exponencial de la producción es una ley del propio sistema (ley incompatible con la conservación de los ecosistemas). Las dos propuestas son posibles. Ambas tienes resultados en el sistema productivo diametralmente opuestos. Ambas son capaces de alimentar a la actual población del planeta (aunque forma parte del desprestigio tecnócrata habitual de las técnicas orgánicas de culto asegurar que esto no es posible, pero varios trabajos de la FAO, entre otros, demuestran lo contrario). Pero, ¡oh, sorpresa!, los principales divulgadores científicos afirman que la alimentación ecológica “no tiene base científica”.

CONCLUSIÓN

No debe de extrañarnos esta confrontación. El conocimiento científico, a medida que se hace más y más grande, también se hace más complejo. El mecanicismo newtoniano que atribuía a la naturaleza propiedades de máquinas perfectas las cuales eran absolutamente cognoscibles ha muerto. Las interconexiones entre diferentes partes de los organismos, de los ecosistemas, de las sociedades, las hacen sistemas complejos difíciles de predecir. Por ello, estudios parciales sobre subsistemas dentro de estos sistemas complejos puedan dar lugar a conclusiones diferentes sobre el devenir del todo. Y esto, a su vez, puede dar lugar a debates políticos sobre cómo ser resolverá el futuro de dicho sistema. Y, tampoco es de extrañar que ciertos profesionales de la ciencia, sintiéndose parte de una élite que los utiliza para mantener su poder, decidan hacer buena la cita de Karl Marx y Friedrich Engels de 1848 en La ideología germánica

“Las ideas de la clase dominante son en cada época las ideas dominantes. Es decir, la clase que constituye la fuerza material dominante en la sociedad es, al mismo tiempo, su fuerza intelectual dominante. La clase que tiene los medios de producción material a su disposición tiene al mismo tiempo el control de los medios de producción mental, de modo que, hablando en general, las ideas de aquellos que carecen de los medios de producción mental están sujetos a ella. Las ideas dominantes no son más que la expresión ideal de las relaciones materiales dominantes”.

Aquí el artículo en Telegraph para una mejor difusión y lectura en redes sociales

[fumpkins]

Long-Term Study Reveals Flip in Plant Responses to Carbon Dioxide

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WIKIMEDIA, RICHARD WEBBNot all plants fix carbon from the atmosphere in the same way. More than 90 percent of plants use what’s known as C3 carbon fixation; others such as maize and sugarcane use a variation on the process known as C4 ­carbon fixation. Based on their biology, C4 plants have long been thought to be less responsive than C3 plants to changes in carbon dioxide concentration—an important difference to take into account when studying how plants may influence future climate change.

But a report published yesterday (April 20) in Science is now calling that thinking into question with results that suggest that, over long timescales, the opposite may be true. “These findings challenge the current [C3-C4] paradigm” about carbon dioxide concentrations, the researchers write in their paper, “and show that even the best-supported short-term drivers of plant response to global change might not predict long-term results.”

C3 and C4 plants respond differently to changing carbon dioxide concentrations thanks to differences in the molecular pathways they use to capture the gas from the atmosphere. While C3 plants use an enzyme known as RuBisCO to fix carbon into a 3-carbon compound, C4 plants—many of them grasses and important crop plants—use a different enzyme to produce a 4-carbon compound first.

The C4 plants’ enzyme has a much higher affinity for carbon dioxide molecules, leading researchers to hypothesize that these plants will gain less from increasing carbon dioxide concentrations than their C3 cousins.

Many experiments have provided support for this hypothesis—and the first 12 years’ worth of data from this latest experiment, carried out in Minnesota, was no different. Over that period, C3 plants being grown in elevated carbon dioxide levels had an average biomass increase of 20 percent compared to control plants being grown in ambient conditions, while C4 plants showed just a 1 percent gain compared to their ambient-grown counterparts.

But then the tables turned. Over the next eight years of the experiment, the C4 plants gained 24 percent more biomass than their ambient-grown counterparts, while C3 plants instead averaged around 2 percent less. 

The researchers don’t know what’s behind the change in trend, although they note in their paper that the levels of available nitrogen in the soil fluctuated in harmony with growth rates for each of the two plants, suggesting something in the nitrogen-fixing microbial community might be involved.

All the same, the findings are “a huge surprise,” study coauthor Peter Reich, an ecologist at the University of Minnesota in Saint Paul, tells Nature. “I don’t think any scientist in the world would have predicted it.”

The study holds relevance for climate models, which include estimates of plants’ capacity to take up carbon dioxide from the atmosphere. The new findings suggest while C3 ­plants might contribute less to soaking up carbon dioxide than previously anticipated, C4 grasslands could contribute more. “The main message is don’t count out the C4 grasslands,” Dana Blumenthal, an ecologist with the US Department of Agriculture in Fort Collins, Colorado, tells Nature.

Meanwhile, the unexpected reversal in plant growth trends highlights the need for more long-term experiments, Richard Norby, a forest ecologist at Oak Ridge National Laboratory in Tennessee who was not involved in this project, tells Nature. “You can’t get at that with short experiments.”

New post published on: http://www.livescience.tech/2018/04/21/long-term-study-reveals-flip-in-plant-responses-to-carbon-dioxide/

[juniperpublishersoceanography]

UV-B Induced Effects and Repair Mechanism in Aquatic Cyanobacteria- JuniperPublishers

Mini Review

Stratospheric depletion of ozone layer has resulted in an increase in the solar UV-B radiation (280 to 320 nm) reaching the Earth’s surface. UV-B radiation is potentially harmful to all forms of life but is more detrimental to photosynthetic organisms, including cyanobacteria. Cyanobacteria are the largest and most widely distributed group of photosynthetic prokaryotes on the Earth, and their contribution to global CO2 and N2 fixation is remarkable. These organisms are proficient in fixing atmospheric nitrogen using enzyme nitrogenase hence potentially recognized as a biofertilizer in rice paddies [1] and other crops. They are important constituent of aquatic ecosystem which is one of the most productive and diverse ecosystem thus any alteration in the size and composition of phytoplankton communities will directly affect its productivity. Hence, it is quite relevant to study the effects of ultraviolet (UVB) radiation on them. The aquatic ecosystem has shown a large sensitivity towards increased solar ultraviolet radiation resulting in decreased biomass productivity, reduced food production for humans [2], reduced sink capacity for atmospheric carbon dioxide [3,5,6] as well as changes in species composition and ecosystem integrity. In cyanobacteria, UV-B radiation has been found to affect a number of physiological and biochemical processes such as growth, survival, cell differentiation, motility, pigmentation, photosynthesis, nitrogen metabolism, and protein profile [7,8,9]. It also affects membrane permeability, pigment stability, nutrient uptake mechanisms and signal transduction through phytochrome or specific UVB photoreceptors [10] Portwich [11]; Kumar et al. [12]; Cadoret et al. [13]. However, enzymes such as nitrate reductase, glutamine synthetase and glutamate synthase are less sensitive to elevated level of UV-B intensity [14] and the response of cyanobacteria towards UV-B radiation differs in various species. DNA and photosynthesis are recognized as the most predominant targets of UV-B [15]. It has been shown that UV-B affects the photosynthetic electron transport and pigment-protein complexes in cyanobacteria by photobleaching of photosynthetic pigments, reduction in phycobili protein content and disassembly of phycobilisome complex [16]. Additionally, several studies have demonstrated that UV-B radiation affects spectral properties of pigments specifically chlorophyll a and phycobiliproteins of cyanobacteria [8] and also influences the chlorophyll and carotenoids contents in cyanobacteria [8,17,18]. Observed a down regulation of transcripts including mRNAs specifying proteins involved in light harvesting and photosynthesis after UV-B exposure. The photosynthetic parameters such as CO2 uptake, O2 evolution and ribuolose-1, 5 bisphosphate carboxylase/oxygenase (RUBISCO) activities are also down regulated [9].

The D1 and D2 proteins that are major constituent of PSII reaction center are degraded by exposure of UV-B. Exposure of UV-B radiation also results in significant alterations of total protein profile of cyanobacteria [16]. Total proteome analysis of Synechocystis sp. PCC 6803 by 2-dimensional (2-D) gel electrophoresis showed different level of proteins expression in the cytoplasm under short and long-term UV-B stress [18]. Cyanobacteria exposed to UVR have evolved a number of mitigation strategies to reduce its direct and indirect damaging effects. The first line of protective strategies include migration from high level to low level of UV intensity in water column, formation of mats/crust, changes in morphology or synthesis of extracellular polysaccharides i.e. gypsum crystals. To escape from high solar radiation, motile cyanobacteria in mats often migrate up and down-wards depending on the spectral waveband [19]. In planktonic cyanobacteria, sinking and floating regulated by gas vacuoles are also protective strategies against UVR [20]. Another mode of defense is the generation of antioxidants in response to reactive oxygen species generated during UV-B stress. The enzymatic antioxidants are superoxide dismutase (SOD), catalase, glutathione peroxidase (GSH-Px) and the enzymes involved in the ascorbate-glutathione cycle to detoxify the ROS such as ascorbate peroxidase (APX), monodehydroascorbate reductase (MDHAR), dehydroascorbate reductase (DHAR) and glutathione reductase (GR) [21]. Exposure of DNA to UV-B causes several types of DNA lesions, which are mainly repaired by photoreactivation (light-dependent) and excision repair (light-independent) mechanism. Photoreactivation occurs with the help of the photolyase enzyme that specifically binds to cyclobutane-pyrimidine dimers (CPDs) or 6–4 photo-lyase (6–4PPs) and reverses the damage after absorption of light energy at 400nm [22]. The major photo reactivating factor phrA in the Cyanobacterium Synechocystis sp. PCC6803 codes for a cyclobutane-pyrimidine dimer-specific DNA photolyase. In the excision repair process, various enzymes (e.g. glycosylases or polymerases) are involved. First, the damaged DNA is nicked and then the short single strand segments are important role in photoprotection as they are located in the extracellular glycan layer covalently linked to oligosaccharides [23,24]. In most cyanobacteria, however, MAAs is located in the cytoplasm, where only 10–26% of harmful radiation is absorbed by this compound [25]. Besides acting as sunscreens, MAAs may provide additional protection as antioxidants [26]. Another UV-absorbing component known for UV-screening properties in cyanobacteria is scytonemin which is formed by condensation of tryptophan and phenyl-propanoid derived subunits [27]. Cyanobacteria may also undergo apoptosis or programmed cell death (PCD) when a cell is damaged beyond repair. An autocatalytic PCD induced by high irradiance was found to operate in the nitrogen-fixing Cyanobacterium Trichodesmium sp. [28]. The caspase activity involved in PCD was observed in Microcystis aeruginosa[29] as well in Trichodesmiumsp. [28] implicating the role of PCD under oxidative stress [30–35].

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