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[labioaulabo]

JESSICA ANDREANI, CHERCHEURE AU CEA EN BIOINFORMATIQUE

Retrouvez la semaine de Jessica ici !

Bonjour à toutes et à tous, je suis Jessica Andreani, ingénieure chercheure CEA à l’institut des sciences du vivant Frédéric-Joliot et à l’institut de biologie intégrative de la cellule (I2BC), sur le campus Paris-Saclay. Mon domaine de recherche est la bioinformatique, c’est-à-dire le développement et l’utilisation de méthodes et d’outils informatiques pour tenter de répondre à des questions d’intérêt biologique.

Plus précisément, je m’intéresse aux interactions entre macromolécules du vivant (protéines et acides nucléiques), à leur structure tridimensionnelle et à leur évolution à travers les espèces. Ces interactions sont fondamentales pour l’accomplissement des fonctions biologiques et lorsqu’elles sont perturbées, les conséquences pour l’organisme peuvent être dramatiques.

Ingénieure de formation, je me suis spécialisée en chimie moléculaire, puis j’ai fait mon stage de Master 2 en chimie théorique à Oxford. Je me suis orientée vers la bioinformatique au moment de mon doctorat car cela me permettait de conserver un aspect théorique et analytique dans mes recherches tout en m’intéressant à des problématiques concrètes d’intérêt biologique. Mon domaine de spécialité est depuis la bioinformatique structurale, c’est-à-dire l’étude des molécules du vivant dans leur détail atomique. Au cours de mon post-doctorat en Allemagne, au Gene Center de Munich puis à l’institut Max Planck de Göttingen, j’ai développé des projets de modélisation statistique pour la bioinformatique structurale, mais aussi d’analyse de données de génomique fonctionnelle. Depuis mon recrutement au CEA il y a cinq ans, une large partie de mon activité de recherche est consacrée au développement de méthodes de prédiction des interactions macromoléculaires. Je cherche également à coupler plus étroitement les données « omiques » générées par les techniques expérimentales actuelles à haut débit avec ces questions de bioinformatique structurale, afin d’enrichir notre compréhension des interactions et notre capacité à les prédire. Je trouve ces sujets de recherche passionnants car l’étude des mécanismes moléculaires qui régissent les interactions dans le vivant est fondamentale pour pouvoir comprendre ces interactions, leurs dysfonctionnements, par exemple dans le cas de pathologies, et comment on peut tenter de les moduler dans un but thérapeutique ou d’ingénierie. Ce que j’apprécie énormément dans mon métier de chercheure, c’est sa diversité. Diversité dans les sujets abordés car mon domaine de recherche est à l’interface entre la biologie, l’informatique, mais aussi la chimie, les mathématiques et la physique. Diversité également dans les activités qui constituent mon métier : écrire des programmes informatiques, réfléchir à des questions biologiques, analyser des données et discuter avec des collaborateurs expérimentateurs, lire et écrire des articles, écouter et donner des séminaires, enseigner, former des doctorant.e.s... C’est tout cela que je souhaite essayer de vous faire partager au cours de cette semaine.

[cosmographica]

Rosetta perce les secrets de la poussière de la comète Tchouri

L’analyse des poussières éjectées par Tchouri montre combien la comète est riche en matière organique macromoléculaire. La vie sur Terre viendrait-elle de l’espace ? Les scientifiques mènent l’enquête, suspectant en tout cas, les comètes d’y avoir contribué après la naissance de notre monde. Une nouvelle étude qui vient de paraître dans la revue Monthly Notices of the Royal Astronomical Society…

[enquetedesensinsa]

Sur la photo (de gauche à droite) : Emmanuelle Vidal-Sallé directrice de GM,   Jean-Yves Charmeau ancien directeur de GMPP, Nacer Hamzaoui ancien directeur de GMC,  Luc Gaudiller ancien directeur de GMD

Interviews :  Emmanuelle Vidal-Sallé,   Jean-Yves Charmeau, Nacer Hamzaoui,  Luc Gaudiller 

     Je m’appelle Emmanuelle Vidal-Sallé, je suis ingénieure INSA GMC 93 et j’ai fait une thèse de doctorat au laboratoire  de mécanique des solides. Je suis enseignante à l’INSA depuis 1997 et directrice du département Génie Mécanique depuis 2016.

      Ce que je constate c’est que depuis un certain nombre d’années, il y a un changement d'attitude de la part des étudiants. Cette quête de sens est beaucoup plus présente et il y a une exigence plus grande sur ce qu’ils vont faire après, dans quel type d’entreprises ils vont travailler et dans quel secteur d’activité. Ils sont prêts à redoubler s'ils n’ont pas trouvé un stage qui correspond à leurs attentes. Cela n’existait pas il y a 20 ans. Les gens se questionnent. Sur les sujet environnementaux bien sûr, mais aussi sur le développement durable dans son aspect social avec tout ce qui concerne l’économie sociale et solidaire et l’impact social du métier d’ingénieur.

      Les entreprises sont très perturbées par cette nouvelle génération, parce qu’elles n’arrivent pas toujours à comprendre le moteur des jeunes ingénieurs. Elles ont du mal à recruter car leur façon de vivre aujourd’hui n’est pas la même que celle d’il y a 20 ans. Les gens sont beaucoup plus mobiles et les entreprises ont du mal à retenir les bons éléments.

      Personnellement, j’ai une trajectoire de vie très en lien avec le modèle INSA puisque je suis une fille de travailleur immigré. Le fait que je sois directrice de département dans un établissement public, où les gens ne pensent pas qu’à l’argent, est pour moi très important. Je travaille pour la collectivité, pour des gens qui n’auraient pas les moyens de se payer des études autrement.

      A travers les enseignements qui mélangent humanités, sciences, et techniques, on essaye de rendre tout le monde conscient que les choses sont imbriquées. Ces questions étaient sous-jacentes mais maintenant elles sont de plus en plus affichées.

      En cours de responsabilité sociale de l’ingénieur, Mme Escudie fait venir des collégiens et des lycéens dans les cours de 4GM. Les étudiants se rendent compte qu’en tant que personnes qui font des études supérieures, ils ont une position qui est extrêmement forte et pleine d’enjeux parce qu’ils sont les “sachants”. Dans ces activités de transmission, notre rôle est de montrer qu’être ingénieur c’est accessible et pas limité à une élite. En ce sens, on a une responsabilité sociale qui est de dire au gens “ne vous censurez pas, c’est possible aussi pour vous”.

      Jean-Yves Charmeau, je suis professeur à l’INSA de Lyon, je dirige le site de plasturgie à Oyonnax. J’ai fait ma thèse en physique chimie macromoléculaire en contrat avec un industriel, puis j’ai postulé pour être maître de conférence à Oyonnax. Ce site a intégré l’INSA de Lyon en 2004 et on a créé la filière plasturgie en lien avec GMC.

      L'intérêt du site d’Oyonnax est d'avoir des jeunes ingénieurs pour porter les innovations. La créativité vient aussi en confrontant les idées des différentes générations. C’est pourquoi il est important d’avoir ce centre de formation baigné dans cette vallée industrielle. Ça nous a permis de mettre en place un certain nombre de visites d’entreprises, des présentations de projets étudiants. Le but est de baigner les élèves ingénieurs dans un milieu industriel, mais aussi qu’ils développent des actions dans les collèges et lycées, qu’ils donnent aux jeunes de cette vallée l’ambition de devenir ingénieur. C’est dans ce sens que je parle de donner une conscience sociétale aux étudiants.

      La quête de sens est quelque chose d’essentiel. Individuellement, on cherche à trouver sa voie. C’est important d’être bien et d’aimer ce que l’on fait. Professionnellement, il faut prendre conscience de l’importance sociétale de l’ingénieur, à la fois avec ses fortes compétences scientifiques et techniques, mais aussi avec un rôle à jouer pour la société et l’environnement. C’est pour ça qu’il est essentiel d’avoir toutes les cartes en main pour trouver sa place.

      Souvent on a des retours d’étudiants qui se demandent ce qu’il peuvent faire, ce qu’est la carrière d’ingénieur. Il ne faut pas avoir peur, vous avez énormément d’atouts, vous avez plein de brique dans la tête, maintenant à vous de vous servir au bon moment de la bonne brique et de construire. Vous entendrez toujours dire “je ne me sers que de 10, 20% de ce que j’ai vu à l’école” et c’est vrai, parce que vous avez vu plein de choses qui vous ont fait évoluer et qui vont vous permettre de vous adapter à différents métiers, à différentes entreprises.

      L'alternance c’est un autre mode pédagogique. Il n’y a pas de meilleure voie, chaque personne a des capacité pour faire des études, pour se projeter, a des modes d’apprentissage qui lui sont plus favorables. C’est pour ça qu’a été créé l’apprentissage, pour donner la possibilité à tous les étudiants de devenir ingénieur, d’acquérir les mêmes compétences mais par un modèle pédagogique différent. C’est comprendre comment individuellement comment on veut évoluer.

      L’associatif aussi est important pour se développer. C’est à dire que l’école est là pour développer l’aspect scientifique et technique, mais ce qui est important c’est de développer des êtres humains avec une forte consciences de leur environnement, de leur impact sur la société, qui ont ces valeurs humanistes portées par l’INSA. C’est important d’aller au delà que la partie compétences scientifiques et techniques. On vous le dit assez votre terrain d’enjeu c’est le monde c’est important de bouger, de s’enrichir des différentes cultures.

       Nacer Hamzaoui, je suis né en Algérie, j’ai fait mes études à Alger jusqu'au bac et je suis arrivé à l’INSA en 75. J’ai fait GMD, puis un doctorat au laboratoire de vibration acoustique. J’ai été directeur du département GMC pendant 7 ans.

      Pour moi la quête de sens c’est un sujet vaste. C’est un thème qui m’est cher. Quand on prend de l'âge, on prend du recul et sans faire attention on fait un bilan de sa vie. Je pense que ce qu’on met parfois trop en avant sur le fait d’être ingénieur, c’est l’aspect compétitivité. Dans nos enseignements on essaye de faire passer le message que travailler en groupe c’est être efficace, c’est rendre service. L’INSA met beaucoup en avant l’aspect humanité, l’ingénieur humaniste, l’aspect diversité. Le thème de l’ingénieur humaniste est pour moi ce qui a le plus de sens. La technologie c’est beau, mais il faut que ce soit au service de l’ensemble des humains de la Terre.

     Dans mon métier d’enseignant chercheur, la recherche ça m’a toujours motivé mais avec le recul je me rend compte que c’est l’enseignement qui m’intéresse le plus. Et enseigner ailleurs aussi. On a ouvert un master électromécanique au Tchad en 2008. Les conditions sont catastrophiques pour les étudiants là bas par rapport à l’INSA. Quand je vois la motivation des étudiants qui viennent très tôt le matin, le samedi, le dimanche ... C’est une formation où on voit le fruit de notre travail puisqu’on est partis de zéro, c’est très enrichissant et motivant. Je me dis que j’ai de la chance d’avoir un métier où je me fais plaisir.

      J’ai vu une différence dans la quête de sens entre les élèves à l’INSA et ceux au Tchad. Un exemple, au Tchad je n’ai pas de montre, je fais mon cours il est midi ou midi et demi je ne sais pas, et personne ne se lève, personne ne m’arrête. A l’INSA j’ai pas de montre non plus, mais je sais quand il est midi moins cinq. Ça veut pas dire grand chose, mais la différence elle est là, dans l’envie. Pour eux faire des études c’est vital, il y a toute la famille derrière qui cotise.

     A l’INSA, on voit que les étudiants ont du mal à avancer si on ne leur donne pas l’application du cours. Il faut arriver à l’expliquer à donner un sens à l’enseignement. Je trouve qu’ils ont raison de poser des questions, de critiquer. Il est tant que dans nos enseignements on s’adapte aux problématiques actuelles, d’autant plus si ça vient des étudiants. Pour moi c’est vous qui êtes le moteur de ce changement. Toute ces problématiques environnementales vont dans le sens de cette quête de sens. Il n’y a plus de frontière, c’est toute la terre qui est concernée.

     Luc Gaudiller, actuellement directeur adjoint à GM. Je suis rentré à l’INSA il y a bien longtemps, vers 89, j’ai commencé par une thèse et j’ai passé le concours de maître de conférences et de proche en proche je suis devenu professeur d’université. Mon parcours, a consisté d’abord à m'intégrer, il a fallu tisser des liens, comprendre ce qu’était l’INSA, les départements, les laboratoires, intégrer les valeurs de l’INSA, et progressivement créer mon réseau. Après il faut enrichir son parcours. Et il arrive un moment dans la carrière où on a envie d’influer sur le système, donc j’ai pris la direction du département GMD, un des ancêtres de GM. On prend ainsi du recul par rapport au fonctionnement de l’INSA, on se positionner en terme stratégique, à avoir une vision qui intègre la partie structure et plus seulement la partie recherche et enseignement. Ayant été Vice-président du CE puis président du Conseil d’Administration restreint, j’ai essayé et peut être réussi à influer au maximum pour l’équilibre entre les missions recherche et enseignement à l’INSA.

      J’ai bien sur un idéal en matière de formation. Je pense que la façon actuelle de pratiquer l'enseignement n’est plus adaptée aux étudiants d’aujourd’hui. Je pense que les étudiants réagissent moins bien à un enseignement purement collectif fait en cours ou TD. En revanche ils sont sensibles à un enseignement individualisé. On apprend bien quand on est intéressé, que l’on choisit, ́ et pas quand on doit aller dans un format imposé. Pour moi, il faudrait complètement se centrer sur le savoir-faire, c’est à dire sur les projets, les mises en situation. Bien sur il peut y avoir des cours, mais ils doivent être au service des projets et choisis librement, pas l’inverse car dans ce cas on n’en comprend pas forcément l’utilité. Il serait bon également d’avoir une vision centrée sur les valeurs qui se dégagent aujourd’hui : l’environnement par exemple. Cela permettrait aux étudiants de mieux percevoir la projection des valeurs humaines et sociétales de l’INSA dans le devenir de leur action. Il y a donc deux volets, le premier, la structure, qui est de faire en sorte que les étudiants soient moteurs et non plus récepteurs de leur formation, le second est que le devenir de la société humaine soit moteur de leur réflexion.

      La quête de sens doit être inhérente à l’enseignement en général. Un étudiant est d’abord demandeur de sens pour se construire. Il ne peut l’acquérir que s’il est placé en situation lui-même d’analyser ce qu’il fait. On est obligé d’avoir du recul sur le sens que l’on veut donner à ses études, à son métier, et à sa vie, les trois sont intimement liés. Il faudrait être moins pudique et travailler sur le sens individuel donné à sa vie, et aider les personnes à le faire.

     Ce n’est pas chose simple, j’étais toujours très troublé d’avoir des étudiants de 5eme année, par exemple, qui venaient me voir et me disait qu’après cinq années d’études ils n’avaient pas envie d’être ingénieur. J’étais perplexe, mais eux bien plus perturbés. Parce que justement cette quête de sens, cette construction n’avait pas été accompagnée. L’INSA peut aider mais la famille et les amis aident aussi. La quête de sens c’est aussi au niveau collectif. Être dans le doute c’est extrêmement productif, ça nous pousse à faire mieux. Douter c’est l’occasion de remettre en cause ce que l’on fait pour aller dans le sens que l’on veut donner à ce que l’on fait, ce que l’on vit.

     Alors ce qui est important, ce sont des études personnalisées dans un groupe, c’est à dire se construire dans un groupe de formation qui se construit. Pour moi c’est très clair que l’école ne doit pas être déconnectée du reste du monde. Il ne faut pas oublier cependant qu’on n’est pas à l’INSA dans collectif total. Pousser le collectif au maximum, c’est le moment quand on est jeune, par contre il faut savoir préserver des espaces de liberté personnels.

      Les étudiants changent très vite aujourd’hui. Si je compare à ce qu’on avait il y a 30 ans, à l’époque les gens étaient très revendicatifs, ils voulaient changer le monde, le mode d’interaction était assez violent. Alors que les étudiants de maintenant sont beaucoup plus tranquilles, conformiste collectivement, pas forcément individuellement. Lorsque j’étais étudiant l’essentiel c’était l'ascension sociale, beaucoup de mes camarades avaient envie de construire pour évoluer personnellement et aussi pour changer le monde. La problématique actuelle est beaucoup plus complexe, parce que les problèmes que nous avons maintenant sont beaucoup plus lourds, on a un monde complètement multipolaire, soumis au réchauffement climatique avec des impacts humains et sociaux qui peuvent déstabiliser le monde. C’est pour ça qu’il faut des moteurs avec des valeurs de projection sur le monde de demain.

     On est libre, on peut faire tout ce qu’on veut, il faut juste avoir envie de le faire. Et si vous êtes des étudiants qui ont envie : poussez, les portes vont s’ouvrir, les gens ne sont pas fermés.

[unpeudephysique]

Les liaisons chimiques

Il existe différents types de liaisons chimiques. Elles expliquent la plupart des propriétés physiques (cohésion, caractéristiques mécaniques, électriques et thermiques, couleur et transparence) des matériaux, depuis la forme des flocons de neige jusqu’à la cohésion des rochers et des cristaux ou les propriétés électriques des métaux. Toutes les liaisons chimiques ont une origine électrique. Les chimistes identifient six grandes catégories de liaisons chimiques, ou disons plutôt six modèles car la nature brouille souvent les pistes en empruntant des caractéristiques à plusieurs modèles :

la liaison covalente,

la liaison ionique et la liaison iono-covalente,

la liaison métallique,

la liaison hydrogène, ou pont hydrogène, et la liaison halogène qui est de nature assez semblable,

les forces de Van der Waals (forces de Keesom, forces de Debye, forces de London).

Liaison covalente

Nous n’insisterons pas sur ce type de liaison auquel sont consacrés deux posts détaillés (approche simplifiée et théorie des orbitales moléculaires)..En résumé, les électrons d'un atome évoluent dans une région de l'espace appelée orbitale. La forme de cette orbitale est déterminée par une équation de la mécanique quantique, l'équation de Schrödinger. Les différentes orbitales sont les solutions de cette équation appliquée à un potentiel colombien représentatif du noyau. Dans le cas d'une molécule, la présence de plusieurs noyaux modifie ce potentiel coulombien. Il apparaît des orbitales moléculaires qui s'étendent sur plusieurs atomes et dans lesquelles ceux-ci mettent en commun des électrons de leur couche périphérique (la bande de valence). L'énergie de ces orbitales moléculaires étant plus faible que celles des atomes d'origine, la liaison est stable. Le différentiel d'énergie est appelé énergie de liaison. La molécule d’eau est un exemple de liaison covalente. Elle intervient également dans la constitution de certains cristaux.

Liaison ionique

La liaison ionique (aussi appelée liaison électrovalente) est une liaison basée sur les forces d’interaction électrostatique. Elle se forme entre deux éléments ayant un potentiel électronégatif très différent. L’élément le plus électronégatif capte un ou plusieurs électrons de l’autre élément (le plus souvent un métal) et il se forme deux ions. L'électronégativité est la capacité d'un élément chimique à attirer les électrons lors de la formation d'une liaison chimique avec un autre élément. La différence d'électronégativité entre ces deux éléments s’exprime en électron-volts (eV). Elle mesure le delta d’énergie lié au captage d’un électron. On estime qu’il faut un différentiel d’électronégativité de 1,7 eV pour former une liaison ionique.

Dans le cas du chlorure de sodium NaCl par exemple (le sel de table), le sodium possède un seul électron de valence alors que le chlore en a sept. L’atome de sodium est moins électronégatif que l’atome de chlore et il lui cède son électron de valence pour former une liaison ionique :

Sur le plan énergétique, le fait de retirer un électron au sodium est endothermique (requiert de l’énergie). L’addition d’un électron à l’atome de chlore est quant à elle exothermique et le bilan est favorable.

Ce que nous avons décrit à l’échelle de deux atomes peut se produire à une échelle moléculaire. Par exemple, le sulfate d’ammonium (NH4)2SO4 (un engrais) est composé de deux cations NH4+ (ammonium) et d’un anion SO42- (sulfate).

Dans un composé à liaison ionique, la symétrie sphérique de la distribution électronique de chaque ion est conservée (les électrons restent localisés sur les ions et ne sont pas partagés). La liaison ionique est donc non directionnelle. C’est également une liaison forte : environ 5eV par paire d’atomes liés.

La liaison ionique permet le formation de cristaux. C’est d’ailleurs sous cette forme (ou plus exactement sous la forme de microcristaux) que se présentent la plupart des sels. Prenons par exemple le cas d’un bloc de calcite. La calcite est un cristal de carbonate de calcium Ca2+CO32-. Mais il n’y a pas, à proprement parler, de molécule CaCO3 dans ce réseau cristallin. Dans un cristal de calcite, les cations Ca2+ et les anions polyatomiques CO32- sont positionnés de manière régulière et ordonnée de façon à ce que les forces électrostatiques qui s’appliquent sur chacun d’eux s’équilibrent. C’est cet équilibre qui conduit à la formation de microcristaux... ou même de cristaux. Le rubis et le saphir, des pierres précieuses très utilisées en joaillerie, sont des cristaux d’alumine Al2O3 auxquels la présence d’oxyde donne leur couleur. Comme dans le cas de la calcite, la nature des liaisons au sein du cristal est ionique. Il y a deux cations Al3+ pour trois anions O2-.

La liaison iono-covalente est une liaison covalente polarisée. Une liaison covalente entre deux atomes de nature différente (et plus particulièrement d’électronégativité différente) ne peut pas être symétrique. Dans ce cas la distribution électronique de l’orbitale moléculaire qui supporte la liaison est décalée vers l’atome de plus forte électronégativité, ce qui donne un caractère partiellement ionique à la liaison. C’est le cas par exemple pour la molécule d’eau. Les électrons covalents ont plus de chance de se trouver près de l’atome d’oxygène qu’à proximité des atomes d’hydrogène et il en résulte la création d’un dipôle électrique. Les molécules comme l’eau qui présentent un dipôle électrique sont dites polaires.

Au demeurant, seuls les éléments très nucléophiles ou très électrophiles (alcalins, alcalino-terreux, chalcogènes et halogènes) sont de nature à capter – ou donner – un ou deux électrons. En dehors de ces éléments, le transfert de la charge n’est souvent que partiel. Même dans le cas de liaisons réputées ioniques il peut y avoir un caractère partiellement covalent.

Liaison métallique

La liaison métallique tire sa spécificité d’une propriété physique des éléments chimiques que l’on appelle les métaux. Dans le cas des métaux, la bande de valence (les niveaux d’énergie des électrons de valence) et la bande de conduction (les niveaux d’énergie que peuvent occuper les électrons libres) sont connexes. Elles ne forment en fait qu’une seule bande et ceci permet à un fluide d’électrons libres délocalisés de se former dans le métal (ou l’alliage). Les cations métalliques forment un réseau tridimensionnel dont la cohésion est assurée par ce fluide. La liaison métallique est non directionnelle. Elle est relativement forte : environ 1 eV par paire liée.

L’existence de ce fluide d’électrons fait des métaux et des alliages de bons conducteurs thermiques et électriques. La nature de cette liaison, qui est moins rigide que les précédentes, donne par ailleurs aux métaux et aux alliages leur malléabilité et leur plasticité. Cette liaison se maintient en effet lors de déformations alors que les liaisons covalentes ou ioniques se brisent.

Comme dans le cas de la liaison covalente, il n’y a pas de liaison métallique pure : les atomes métalliques forment aussi entre eux des liaisons covalentes (dites de coordination), ce qui explique la structure cristalline que l’on peut observer à l’échelle granulaire dans les métaux à l’état solide.

La liaison métallique ne s’applique pas qu’aux métaux. Il existe un état de l’hydrogène appelé hydrogène métallique dans lequel les atomes d’hydrogène partagent leur unique électron. On suppose que les couches internes des étoiles gazeuses sont occupées par de l’hydrogène métallique.

Pont hydrogène

Comme nous l’avons vu au paragraphe concernant la liaison iono-covalente, les liaisons covalentes peuvent donner lieu à la formation d’un dipôle en raison de la différence de potentiel électronégatif entre les deux éléments engagés dans la liaison. Ceci permet la création de liaisons entre ces dipôles. C’est le cas par exemple de l’eau à l’état solide et c’est ce qui lui donne le caractère cristallin de la glace (ou des flocons de neige). On appelle ce type de liaison une liaison hydrogène (ou pont hydrogène). Cette liaison ne peut se produire qu’entre un atome d’hydrogène et un élément fortement électronégatif comme l’oxygène, l’azote et le fluor.

Les liaisons hydrogène jouent un rôle important dans la cohésion de composés macromoléculaires comme les polymères, qu’ils soient  de  synthèse comme les polyamides ou les polyuréthanes, ou  d’origine naturelle comme les protéines ou la cellulose. Dans le cas du papier, ce sont également des ponts hydrogène qui maintiennent ensemble les fibres de cellulose qui le constituent.

La liaison hydrogène est classée parmi les liaisons faibles : 0,1 eV par paire liée. Elle est directionnelle. La liaison halogène est de même nature que la liaison hydrogène. Dans ce cas, c’est un élément halogène (astate, iode, brome ou chlore) qui joue le « rôle du cation ».

Forces de Van der Waals

Les forces de Van der Waals regroupent divers types de forces électrostatiques de plus faible intensité. Elles ont été découvertes par Johannes Diderik Van der Waals et lui ont valu le prix Nobel en 1910. Il en existe de différents types : force de Keesom, force de Debye, force de London. Elles sont dues à l’interaction entre des dipôles électriques, permanents ou induits. Elles sont non directionnelles et de faible intensité (quelques meV par paire liée).

On les rencontre dans des structures cristallines en feuillets ou en lamelle. C’est le cas pour le graphite. La structure du graphite est constituée de la superposition de  feuillets de structure hexagonale décalés les uns par rapport aux autres. Les liaisons entre atomes de carbone d’un même feuillet sont covalentes. La cohésion entre feuillets est assurée par des forces de Van der Waals. Le nombre important d’atomes dans chaque feuillet compense la faiblesse de ces forces. (Il n’en reste pas moins que le graphite est beaucoup plus friable que le diamant !)

Les forces de Van der Waals assurent également la cohésion des matériaux polymères amorphes ou semi-cristallins.  

Si ces forces sont d’intensité nettement moindre que les précédentes, elles ne sont cependant pas négligeables… Ce sont les forces de Van der Waals qui permettent au gecko de grimper et de se maintenir sur des parois de verre verticales !

Panachage

D’une manière générale, la formation d’assemblages moléculaires (et en particulier de cristaux) ne relève pas d’un seul type de liaison. Elle résulte de l’existence d’un optimum énergétique lié à une configuration géométrique, à caractère périodique, localement ou amorphe, dans laquelle peuvent intervenir des liaisons covalentes, électrovalentes, iono-covalentes, des ponts hydrogène et des forces de Van der Waals. Le gypse CaSO4.2H2O en est un exemple emblématique. Il est constitué de feuillets de CaSO4 maintenus entre eux par des forces de Van der Waals qui sont véhiculées par les molécules H2O situées dans les espaces interfoliaires. Au sein de ces feuillets, les anions SO42- ont une structure tétraédrique centrée de nature plutôt covalente (les liaisons sont de nature directionnelle). Chaque cation Ca2+ est relié à plusieurs anions, les liaisons étant cette fois ioniques, et à deux molécules d’eau par des forces de Van der Waals !

Pour en savoir plus :

post sur la cohésion de la matière

post sur la structure du nuage électronique

post sur la valence

post sur la liaison covalente (approche simplifiée)

post sur les orbitales moléculaires

post sur les cristaux

post sur les cristaux (suite)

post sur les composés complexes

post sur la cohésion de la matière

post sur les roches sédimentaires

post sur la classification périodique des éléments

glossaire de chimie générale

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[azveille]

Sensorion : présentation de nouvelles données précliniques du SENS -401 au congrès SFN 2019 à Chicago

Sensorion, société  biopharmaceutique  pionnière au  stade clinique dédiée au développement de thérapies innovantes pour restaurer, traiter et prévenir les pathologies de l’oreille interne telles que les surdités, les acouphènes et les vertiges, a annoncé  aujourd’hui  avoir effectué  une  présentation au  congrès  annuel de  la  Société des Neurosciences (SFN 2019) qui se tient à Chicago (IL, USA) du 19 au 23 octobre 2019.

Le poster intitulé  «  L’exposition de  l’oreille  interne à  SENS-401  n’est pas  altéré  par  un traumatisme acoustique grave dans un modèle de rat » est présenté dans la session « Études des découvertes et des traitements précliniques dans le domaine des neurosciences auditives et visuelles ». Ce poster a présenté des études portant sur les effets potentiels et spécifiques d’un modèle animal, notamment le modèle de trauma acoustique induisant une perte auditive soudaine sévère (SSNHL), sur l’exposition locale au SENS-401, administré oralement à des rats Wistar.

Il a déjà été démontré dans d’autres modèles animaux que l’exposition à des traumatismes sonores ou à des médicaments ototoxiques pouvait augmenter l’exposition locale à des agents traceurs macromoléculaires dans l’oreille interne après une administration systémique. Chez les  animaux naïfs,  ces  agents traceurs  n’obtiennent  qu’une faible  exposition  locale, ce  qui suggère une perméabilisation de la barrière labyrinthe sanguine dans les modèles de lésion.

Dans  le  but de  déterminer  si le  modèle  préclinique de  pertes  auditives influençait  la pharmacocinétique  (PK) et  l’exposition  locale au  SENS-401,  une dose  thérapeutiquement pertinente a été administrée chez des rats après une exposition à un traumatisme acoustique grave. Les concentrations plasmatiques et de l’oreille interne du SENS-401 ont été comparées ensuite à celles de rats ayant subi une exposition simulée (placebo) au bruit. Aucune différence n’a été observée dans les deux groupes d’animaux, que ce soit au niveau de la concentration plasmatique du SENS-401 ou de l’exposition du médicament dans l’oreille interne, démontrant que les traumatismes sonores n’ont affecté ni la PK ni l’exposition locale au SENS-401, le candidat-médicament otoprotecteur spécifiquement sélectionné pour sa capacité à atteindre une exposition locale élevée dans l’oreille interne.

Ces résultats  confirment  que  le modèle  de  traumatisme acoustique  induisant  une perte auditive neurosensorielle soudaine (SSNHL) n’a pas entraîné d’effets spécifiques dû au modèle animal sur l’exposition locale du SENS-401, et permet l’intégration des données précliniques d’efficacité, de pharmacocinétique et de sécurité du SENS-401.

Par conséquent, les résultats rapportés soulignent l’utilité de mener des études précliniques de pharmacocinétique/pharmacodynamique (PK / PD) et de mesure de l’’exposition locale au SENS-401 pour leur utilisation dans la sélection des doses testées dans les études cliniques.

[universallyladybear]

Sur les autres projets wikimedia le mot tourniquet peut désigner pour origine le phénomène de glissement des chaînes macromoléculaires les unes par rapport aux…

Consiste à procéder à la réticulation du polymère qui créera des liaisons covalentes entre ses chaînes pontage la déformation du solide viscoélastique obtenu sera.

Une solution consiste à le glissement une solution faut diminuer le glissement d’écoulement il faut diminuer ce phénomène d’écoulement il pour éviter ce phénomène autres pour éviter rapport aux. Unes par macromoléculaires les des chaînes de glissement le phénomène fluage a pour origine la réticulation durée de la contrainte a été. Résiduelle reliée à l’écoulement irréversible ce phénomène concerne surtout les fluides viscoélastiques plus la durée de irréversible ce phénomène concerne surtout les fluides viscoélastiques plus la la contrainte polymère le.

A été longue plus la déformation permanente est importante dans le cas d’un polymère le fluage a longue plus permanente est importante dans le cas d’un. Procéder à du polymère une déformation permanente ou résiduelle reliée courbe ainsi obtenue présente trois différentes zones de comportements différents il s’agit des trois. Et une température constantes l’allongement est mesuré en fonction du temps la courbe ainsi température constantes l’allongement est mesuré en fonction du temps la obtenue présente soumise à.

Trois différentes zones de comportements différents il s’agit des trois modes de fluage modes de une contrainte et une une éprouvette soumise à une contrainte. Qui créera obtenu sera plus faible que celle du matériau fluide lors d’un essai mécanique de fluage réalisé avec une éprouvette. Des liaisons covalentes entre ses chaînes pontage la déformation du solide viscoélastique plus faible réalisé avec que celle du matériau fluide.

Lors d’un essai mécanique de fluage permanente ou a subi une déformation autres projets projets correspondants consultez la liste des tâches à accomplir en page de discussion ils servent.

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Bâtiments réacteurs br de centrales nucléaires en béton précontraint etc qui influeront sur leurs performances et qualité au cours de leur vieillissement ou en cas d’aléa sismique.

Constructions ponts bâtiments réacteurs dégradation des constructions ponts déformations et dégradation des prédire les déformations et tester et prédire les notamment à tester et ils servent notamment à discussion page de. Accomplir en tâches à liste des consultez la recommandations des projets correspondants centrales nucléaires tormax imotion 2302 est à présent disponible wikimedia le mot tourniquet peut désigner la version. Télescopique du tormax imotion 2302 est selon les recommandations des à présent disponible vous pouvez partager vos connaissances en l’améliorant comment selon les. Partager vos connaissances en l’améliorant comment br de en béton le matériau a subi précontraint etc contrainte appliquée le matériau retiré la contrainte appliquée après avoir retiré la.

De l’éprouvette après avoir la variation de l’éprouvette en mesurant la variation être contrôlée en mesurant fluage peut être contrôlée l’expérience de. Visqueux l’expérience de fluage peut retardée et à l’écoulement visqueux à l’élasticité retardée et l’élasticité instantanée à l’élasticité correspond à l’élasticité instantanée matériau viscoélastique. Pour un matériau viscoélastique la déformation correspond à ou en qui influeront sur leurs performances et qualité au cours de leur vieillissement. Cas d’aléa sismique concernant ce type d’essai mécanique deux cas se présentent pour un concernant ce type d’essai mécanique deux cas se présentent fluage la déformation à l’écoulement.

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Tourniquet Sur les autres projets wikimedia le mot tourniquet peut désigner pour origine le phénomène de glissement des chaînes macromoléculaires les unes par rapport aux...

[nagarathinamkrishna]

Je ne te dis pas au revoir, Franz Isel

Je ne te dis pas au revoir, Franz Isel

   C.P.REGHUNADHAN NAIR

Titulaire d’une maîtrise en chimie appliquée de l’Université de Cochin, Inde en 1979 et d’un doctorat en matériaux macromoléculaires de l’Université Louis Pasteur à Strasbourg en 1989 avec une note exceptionnelle. Après avoir travaillé au Centre spatial de l’Inde (ISRO) à partir de 1980 pendant trente ans, à différentes capacités, il a pris sa retraite en tant que…

[labioaulabo]

MÉLANIE FOULON, DOCTORANTE EN TROISIEME ANNE À L’INSERM EN MICROBIOLOGIE

Retrouvez la semaine de Mélanie Foulon ici !  

Hello hello, je m’appelle Mélanie Foulon et je suis doctorante en troisième et dernière année de thèse au sein de l’équipe ATOMycA, du Centre de Recherche en Cancérologie et Immunologie Nantes Angers (CRCINA), une unité de recherche INSERM. Je réalise mon doctorat grâce à un financement MENRT, et je suis donc sous contrat doctoral avec l’Université d’Angers. 

Avant d’arriver en thèse, j’ai suivi un parcours très technologique. À la sortie du bac, je me suis en effet dirigée vers un IUT (IUT de Laval) afin de décrocher un diplôme universitaire et technologique (DUT) en Génie Biologique. À l’époque, je n’aspirais pas vraiment à faire de « longues » études, je voulais vite gagner mon indépendance. C’est pourquoi en fin de deuxième année d’IUT, avant même de démarrer mon stage de fin d’études, j’avais déjà choisi de poursuivre en licence professionnelle pour rapidement intégrer le monde professionnel. Et tout a basculé lors de ce fameux stage de trois mois, que j’ai réalisé au sein de l’Unité Secalim (unité mixte INRA/Oniris) à Nantes, sous l’encadrement de Nabila Haddad. Ce fut ma première expérience dans un laboratoire de Recherche en microbiologie, et ce fut le coup de cœur. Grâce à l’encadrement pédagogue de ma maitre de stage, j’ai pu appréhender le monde de la Recherche au travers de la mise en place de plans expérimentaux, l’analyse de résultats (plus ou moins concluants), de discussions scientifiques avec différents acteurs du laboratoire de Recherche (techniciens et techniciennes, ingénieur(e)s, doctorant(e)s, chercheurs et chercheuses…). Toutes ces expériences m’ont mené vers une remise en question, puis une conclusion évidente : je voulais devenir chercheuse et je voulais continuer d’évoluer dans ce domaine passionnant qu’est la microbiologie. Ayant déjà été acceptée en licence professionnelle à Angers, j’ai suivi cette formation et réalisé un autre stage de trois mois, toujours en laboratoire de Recherche, sous l’encadrement de Lionel Fizanne. À l’issu de cette licence professionnelle, j’ai été admise en master Recherche en Microbiologie Fondamentale et Appliquée à Rennes. J’ai eu la chance d’effectuer deux stages passionnants de cinq et six mois respectivement à l’INRA de Jouy-en-Josas (Unité MICALIS, sous l’encadrement de Claire Cherbuy et Pascale Serror) et à l’Institut Pasteur de Paris (Unité de Biochimie des Interactions Macromoléculaires, sous l’encadrement de Françoise Norel). Et finalement, en octobre 2017, j’ai décroché une bourse ministérielle me permettant de réaliser mon doctorat ici, à Angers sous la direction d’Estelle Marion et de Laurent Marsollier. 

Au sein de notre équipe, nous travaillons sur l’ulcère de Buruli, une maladie tropicale négligée. Cette maladie cutanée causée par Mycobacterium ulcerans représente la troisième mycobactériose au monde après la Tuberculose et la Lèpre, et est majoritairement diagnostiquée dans les pays d’Afrique Centrale et de l’Ouest (bien qu’un nombre croissant de cas semble détecté ces dernières années en Australie). Durant mes trois années de thèse, j’ai eu pour mission de disséquer les mécanismes associés à l’évolution de la maladie, aussi bien du côté de l’hôte que du côté de la bactérie. L’une des particularités de M. ulcerans est qu’elle produit une toxine, la mycolactone, aux propriétés pléiotropiques. Ses activités cytotoxiques et immunosuppressives permettent aux bacilles de s’installer dans les tissus tandis que son activité analgésique inhibe la sensation de douleur chez les patients malgré l’étendu des lésions ulcératives. Il est aujourd’hui admis que cette toxine, de nature lipidique, est responsable de la destruction cutanée observée dans les lésions d’ulcère de Buruli, lésions à l’origine du développement de graves séquelles chez les patients. Ainsi, nos travaux, en accord avec les objectifs de l’Organisation Mondiale de la Santé, visent à disséquer la physiopathologie de l’ulcère de Buruli et la biologie de M. ulcerans afin d’identifier des pistes dans le développement de nouveaux outils diagnostiques et thérapeutiques. Au cours de ma semaine, je vous présenterai les différentes méthodes que nous utilisons couramment au laboratoire : comment (tenter de) maitriser la culture de M. ulcerans (mycobactérie à croissance trèèès lente), comment travailler avec la mycolactone (lipide très hydrophobe), comment travailler avec certains modèles cellulaires (cellules primaires) etc…