#COI barcoding | Explore Tumblr Posts and Blogs

yo-sostenible · 3 months

Text

Un equipo internacional de científicos, en el que participan biólogos de la Universidad Autónoma de Madrid (UAM), la ha dado a conocer bajo el nombre de Serrasalmus magallanesi. Este hallazgo subraya la importancia de continuar investigando la ictiofauna de la región para su adecuada conservación. Fotografía en vivo del Holotipo de ‘Serrasalmus magallanesi’, subcuenca del río Beni, cuenca del Amazonas. / Fernando M. Carvajal-Vallejos Una investigación internacional, en la que ha participado un equipo de biólogos de la Universidad Autónoma de Madrid junto a la Universidad Mayor de San Simón (Cochabamba, Bolivia), ha hallado una nueva especie de piraña en el sistema superior del río Madeira, en Bolivia. Este animal, identificado como Serrasalmus magallanesi, constituye la novena especie de piraña registrada en Bolivia y la número 32 en América del Sur. El trabajo, publicado en la revista Journal of Ichthyolog, revela que estas criaturas son depredadores que se alimentan principalmente de peces o pequeños invertebrados. Para confirmar la existencia de este descubrimiento se analizaron 159 individuos de las ocho especies conocidas y la posible nueva Serrasalmus presentes en Bolivia. Se realizaron 33 mediciones morfológicas, 17 conteos morfológicos (recuentos de escamas, radios de aletas y dientes) y el análisis de 10 variables de coloración. Muchas de estas variables fueron analizadas en estudios previos sobre especies del género Serrasalmus Además, se elaboraron radiografías para contar estructuras osteológicas (vértebras, costillas y radios que sostienen las aletas) y medir algunos huesos. También se revisaron descripciones originales y trabajos relacionados con las 24 especies del género Serrasalmus no reportadas en Bolivia para determinar los diagnósticos comparativos. El estudio incluyó análisis genéticos basados en el gen mitocondrial COI (Citocromo Oxidasa I). Las secuencias de especies bolivianas se obtuvieron del Canadian Center of Barcoding (Guelph, Canadá) y se depositaron en el Barcode of Life Data Systems (BOLD), mientras que las secuencias complementarias de otras especies se obtuvieron de GenBank. Los análisis genéticos se realizaron utilizando los programas MEGA 11 y PhyML. Combinación de diferentes técnicas La identificación morfológica de especies del género Serrasalmus, tanto en campo como en museos, representa un desafío para ictiólogos y ecólogos acuáticos. Esto se debe a factores como la diferencia en la ontogenia de estas especies y la variación morfológica dentro de una misma especie. Por ello, se requieren estudios que integren técnicas morfológicas y genéticas para caracterizar y diagnosticar adecuadamente las especies de este género. Revisiones recientes de material de colecciones ictiológicas en Bolivia han evidenciado la presencia de una nueva especie de piraña del género Serrasalmus en el sistema superior del río Madeira. Esta especie había sido erróneamente identificada como Serrasalmus hollandi debido a la similitud en la mancha en la base de la aleta caudal en las colecciones bolivianas. Sin embargo, S. hollandi tiene un hocico corto y robusto, y una mancha humeral evidente, mientras que la nueva especie tiene un hocico alargado y la mancha humeral es difusa o ausente. Conocer el patrimonio natural Serrasalmus magallanesi sp. nov. se diferencia del resto por una combinación única de características: elcuerpo plateado en vida, aleta anal con una llamativa mancha en forma de medialuna en la base o la aleta anal de color rojo intenso con una franja oscura en el borde, son algunos de los rasgos distintivos. Puede alcanzar los 20 centímetros de longitud y presenta un hocico alargado y una mancha humeral difusa o ausente. Una vez conservada en alcohol, la coloración roja de la aleta anal y la coloración plateada del cuerpo desaparecen. Radiografía del Holotipo de ‘Serrasalmus magallanesi’, subcuenca del río Beni, cuenca del Amazonas. / UAM Este hallazgo resalta...

# Serrasalmus magallanesi

0 notes

dropsofsciencenews · 3 months

Text

L’Occhio di Sauron dell’Amazzonia

ENG version ESP version Non sempre è facile mettersi d’accordo in gruppo quando si cerca il nome per nuove specie, ma i ricercatori del Museo di Storia Naturale di Londra non hanno avuto dubbi quando si sono trovati davanti a nuove specie di piranha vegetariani.

Ma facciamo un passo indietro. Per definire un animale come appartenente a una specie nuova, in passato spesso ci si basava sulle caratteristiche morfologiche. Questo è il caso del genere Myloplus, e in particolare della specie Myloplus schomburgkii. Sotto questo nome, infatti, venivano racchiusi pesci facilmente riconoscibili per avere una barra nera verticale al centro del corpo e per la particolare dieta basata soprattutto su piante, e qualche insetto, nonostante la loro stretta parentela coi piranha. I ricercatori, attraverso una nuova e attenta analisi morfologica di più esemplari unita alla codifica a barre del DNA, si sono resi conto che all’interno della specie Myloplus schomburgkii si nascondevano in realtà altre due specie, tutte con una barra verticale scura sul fianco, ma geneticamente diverse!

Alle due nuove specie sono stati dati rispettivamente i nomi di M. aylan e M. sauron. Il nome specifico M. aylan onora il defunto Aylan Moraes Andrade, figlio di Carine Moraes e Marcelo Andrade, uno degli autori, scomparso prematuramente. Il nome specifico M. sauron, invece, allude all'Occhio di Sauron, dal “Signore degli Anelli” di J. R. R. Tolkien in quanto il suo corpo è segnato con una barra verticale nera che si restringe verso entrambe le estremità, che ricorda il famoso occhio dalla pupilla verticale del romanzo. Inoltre, alcuni esemplari presentano anche delle macchie arancioni sul corpo, proprio come l’Occhio!

Come si sono resi conto i ricercatori di trovarsi davanti a più specie? Ebbene, loro hanno riscontrato distanze molecolari tra i tre lignaggi piuttosto elevate che andavano ben oltre la soglia minima per il DNA Barcoding delle specie ittiche (dal 2% al 3%). Myloplus schomburgkii differisce da M. aylan e M. sauron rispettivamente del 7,9% e del 9,7%. Tra M. aylan e M. sauron la distanza era ancora maggiore, 11%. Le differenze tra le tre specie non si fermano alla parte genetica. A un occhio più acuto, la stessa barra scura verticale può essere facilmente utilizzata per distinguere le tre specie. Myloplus schomburgkii presenta una barra verticale scura di larghezza uniforme rispetto alle due nuove specie. In M. sauron la barra nera verticale si restringe verso le estremità formando punte distali affusolate, mentre in M. aylan la barra scura verticale ha una regione più ampia vicino alla linea laterale e le estremità non si assottigliano.

La denominazione delle nuove specie M. aylan e M. sauron riflette la profondità del legame tra scienza e società, dove ogni nome racconta una storia. Questa scoperta, resa possibile grazie alla combinazione di analisi morfologiche e genetiche, ci ricorda che la nostra comprensione del mondo naturale è in continua evoluzione. La natura ci sorprende sempre, e l'identificazione di queste nuove specie sottolinea quanto sia vasto e ancora in parte sconosciuto il regno animale. I ricercatori ci invitano a mantenere uno sguardo attento e curioso, proprio come l'Occhio di Sauron, per continuare a esplorare e scoprire le meraviglie della natura.

Fonte articolo e foto

0 notes

popgenpapers · 11 months

Text

Global Terrapin Character-Based DNA Barcodes: Assessment of the Mitochondrial COI Gene and Conservation Status Revealed a Putative Cryptic Species

http://dlvr.it/Sy9sFh

0 notes

territiny · 2 years

Text

Cassiopeia jelly fish

Here, we compiled 162 datasets for fish, bird and plant assemblages across the globe and measured how taxonomic and phylogenetic diversity changed at different spatial scales (within site α diversity and between sites spatial β diversity). To better understand how ecosystems are changing, a multifaceted approach to measuring biodiversity that considers species richness (SR) and evolutionary history across spatial scales is needed. This work clarifies the practical implications of molecular genetic data as diagnostic characters, and sheds light on the patterns and processes that generate crypsis. Recognizing moon jellyfish diversity with formal names is vital for conservation efforts and other studies. We present diagnostic genetic characters for all species and designate type materials for newly described and some resurrected species. Therefore, mostly based on genetic data, we recognize 28 species of Aurelia, of which seven were already described, 10 are formally described herein, four are resurrected and seven remain undescribed. Previous studies have also highlighted the difficulties in distinguishing Aurelia polyps and ephyrae, and their morphological plasticity. This is further emphasized by morphological differences found when comparing lab-cultured Aurelia coerulea medusae with the diagnostic features in its recent redescription. Even though some morphological features seem responsible for most of the variation, regional geographic patterns of dissimilarities are lacking. We demonstrate that morphological variability in Aurelia medusae overlaps across very distant geographic localities. We accepted this challenge for the jellyfish genus Aurelia, which has a long and confusing taxonomic history. Given the interest in Cassiopea as a model organism, the observations presented herein lay out a roadmap for studies that aim at linking environmental heterogeneity to phenotypic plasticity.Ĭryptic species have been detected across Metazoa, and while no apparent morphological features distinguish them, it should not impede taxonomists from formal descriptions. We interpret differences in vesicle and cassiosome morphology in conjunction with nematocyst size disparities as a reflection of environment-mediated shifts in trophic strategy (photo-autotrophy versus heterotrophy). Conducting a meta-analysis of a comprehensive cnidome dataset, we show that nematocysts may provide important information for species delineation and identification in Cassiopea, a suite of characters not fully exploited thus far. In addition, we uncovered differences in cassiosome structure and composition between populations that suggest differences in trophic modes across populations. In particular, macromorphological characters, such as vesicle shapes and sizes, have been used as characters to discriminate among species of Cassiopea varied between populations. With this, we were able to document intraspecific phenotypic variation between populations that is likely reflective of distinct ecotypes rather than species-specific disparities. ornata from two distinct habitats and used DNA barcoding for species identification. This contribution investigates phenotypic plasticity in Cassiopea ornata Haeckel, 1880 from Guam, Micronesia. The systematics of Cassiopea is far from completely understood, but the present study represents an important further step. Species richness is underestimated in the Western Pacific region, and integrative approaches are helpful to reveal and describe species. Molecular analyses, based on individual and combined markers (16S + cytochrome c oxidase I, COI), also support two distinct species they are not sister taxa, and both are nested together within a clade of other Cassiopea members from the Australian and Indo-Pacific regions. Nematocyst types not previously observed in the genus are also reported. Herein, sexually dimorphic traits are included for the first time in the descriptions of Cassiopea species. These species can be distinguished from each other using morphological features. and a previously synonymised variety now raised to species level (Cassiopea culionensis, stat. These observations lead to the recognition of two distinct species: Cassiopea mayeri, sp. Cassiopea medusae specimens from the Western Pacific (Japan and the Philippines) were analysed using multiple lines of complementary evidence, including types of cnidae, macro-morphology and molecular data. Morphological variability within Cassiopea is well documented and has led to inaccuracies in the establishment of species boundaries in this taxon.

#Cassiopeia jelly fish

0 notes

typhlonectes · 2 years

Photo

Oxynoemacheilus isauricus, a new nemacheilid loach from Central Anatolia (Teleostei: Nemacheilidae)

BARAN YOĞURTÇUOĞLU et al.

Abstract

Oxynoemacheilus isauricus, new species, from the Lakes Beyşehir and Suğla basins in Central Anatolia is distinguished from all other species of the O. angorae group by having a very slender caudal peduncle (its depth 2.2–2.6 times in its length). The new species is further distinguished by having a short head (head length 21–24% SL), and a midlateral series of irregularly shaped blotches on the flank. Oxynoemacheilus isauricus is also distinguished by a minimum K2P sequence divergence of 7.5% and 8.0% in the mtDNA-COI barcode region from O. eregliensis and O. atili, its closest relatives.

Read more: https://www.biotaxa.org/Zootaxa/article/view/zootaxa.4975.2.7

#loach #ichthyology #science #nature #animals #freshwater #aquatic #turkey #asia #middle east

168 notes · View notes

ashintheairlikesnow · 5 years

Text

Had an anon request a "short drabble” with a dialogue prompt for Owen/Kauri!

Tagging: @maybeawhumpblog, @pepperonyscience, @haro-whumps, @18-toe-beans, @burtlederp, @finder-of-rings, @giggly-evil-puppy, @whimpers-and-whumpers, @whump-it, @lumpofwhump, @pumpkinthefangirl

CW: Referenced dubcon, fucky thought processes, abuse survivor thinking about going back to abuser

“God, I love just looking at you.”

Kauri looks up, surprised, from pouring the cold brew Owen makes into a glass full of ice, the crackling of the coffee hitting solidified water, tiny minute fractures in the little clear squares now drowning in the smooth liquid.

Two glasses. One for Owen, first, and then one for him.

“Wh-what do you mean?”

His hair is still damp from showering, the black curls plastered in little flat circles against his forehead and the back of his neck. Owen sits across from him on the barstools lined up along the counter where the kitchen opens to the living room, one giant well-lit room with the sun shining through the open balcony doors.

“Nothing. Just...” Owen trails off, and there’s a warm and loving look on his face that Kauri adores, loves to see turned back at him. “You’re so close to perfect, Kor-Bore.”

“Just close?” Kauri grins at him, flashes his own bright white teeth (Owen makes him do the whitening trays sometimes, his teeth weren’t so white before he thinks, but then he doesn’t really remember).

“Nobody’s perfect,” Owen replies, with a shrug, but there’s a softness to him today, and Kauri melts into it.

It’s safety, that expression - it’s a good day, it’s Owen holding him on the couch. It’s maybe getting pushed onto his back later, and a lot of pets don’t have owners who care if they feel good, but Owen always wants him to have a good time, too.

He’s lucky.

He’s so lucky.

He signed up for this - and he has bad days where he thinks maybe he didn’t - but he did, and he’s so lucky that Owen was the one he was sent to.

He pours the milk - more for himself, only a little for Owen - and slides the glass along the counter until Owen’s fingers brush his, and little shivers run up Kauri’s hand and arm at his touch.

Owen takes a sip, looking him over, and Kauri is suddenly aware he’s only wearing the black joggers, doesn’t have a shirt. Owen licks at his lips, and the look in his face makes Kauri’s stomach drop.

He hates it, but he loves it.

It makes him sick but he tilts his head and gives Owen his best coy smile - use your nonverbal cues, 645898 - and it will be good, anyway, because Owen will want him to feel good.

This is what he wants.

Even when he doesn’t.

"You’re so perfect for me, Kauri.”

Kauri’s hand stills on his own glass, and he stares down at it, and something’s wrong with the coffee. It’s not coffee, it’s a mirror, and he can see his own face refleced back at him with all the jagged cracks from the ice.

Blue eyes, black hair, pale skin.

Fractured into pieces that don’t quite fit together, and he stares at himself, and he doesn’t know the person looking back. It’s not Kauri.

The reflection in the ice stares right back at him, meets his gaze, and says in a low flat voice, you weren’t perfect for him before.

He looks up at Owen, confused, uncertain, with a sudden pounding in his head. There’s a weird smell in the air, like smoke and metal, and a chill even though it’s the middle of the morning.

the fog comes in on little cat feet

“I wouldn’t change a thing about you,” Owen says, and it’s like saying I love you, but it isn’t, and he doesn’t, and Kauri is the only person in this condo who loves anyone.

He picks up the glass full of his own shattered image, and the reflection whispers

he already changed everything about you.

Kauri throws the glass at the wall

and jerks awake all at once with a gasp, finding himself staring dazedly around the empty city bus, just him and the driver. The backpack rests next to him, with Keira contentedly beeping inside while she goes through some kind of new routine she has, something about putting all the new information together into organized little bits inside her data core.

He can see the driver glance up at the big mirror that lets her see the whole bus, but he doesn’t try to meet her eyes. He still can’t look at himself, even though they keep telling him to try, to take away the conditioning with time, exposure, effort.

Instead, he just turns up somewhere and asks for a haircut now and then, and everything else he does, he doesn’t need a mirror for.

He’s got a hat pulled low to hide the distinctive curls, with the hoodie on top of it, hands buried in the sweatshirt’s pockets. He can feel the wide leather cuff he wears over the barcode rub against his wrist underneath his shirt and sweater, and takes a deep breath.

Just a city bus.

Just the middle of the night.

Safe.

As safe as he’s going to get.

He shifts around to get a little more comfortable pushing his back against the seat cushions, patterned like some neon 80′s hotel carpet.

how do you know what carpets look like in hotels, Kauri?

He doesn’t answer the question inside his head. The answer will pop up later, or it won’t.

He fights the ache of missing him, the good moments, the days where everything was togetherness and movies and watching Owen’s youtubers with him. He fights the memory of the look, licking his lips, the gentle smile.

Of thinking I’m so lucky.

The other Keira - the real one - hates that he misses Owen. Hates that he’s always running from the sound of his voice calling him home. Hates that Kauri doesn’t want to live as the other name.

Everyone hates that he is always running, everyone always wants him to stay. They offer food and beds and showers and refuse the wrinkled dollars and bags of quarters he tries to give them in return.

If he stops running, they’ll see that Owen Grant wouldn’t change a thing about this Kauri, too, as long as he could keep him all locked up again.

What’s the point of a rescue if your damsel still dreams about the dragon and the tower?

Kauri still can’t think or say the name that people want to call him, but he knows who Kauri is, and he’s fine with being Kauri.

For now.

Or he will be fine, once he knows who Kauri is.

You don’t even know who you are.

In the pocket of his jeans, the green cell phone starts to ring, and Kauri picks it up as the tinny ringtone voice sings, but where were they going without ever knowing the way?

He doesn’t check to see who it is - there’s not exactly a long list of people who call him, and the list of people who call at 2:30 in the morning is even shorter. He just hits the little button to answer and wonders if the bus driver can see the little smile he can feel growing wider on his face.

“It’s the middle of the night,” He says instead of hello. “I almost didn’t pick up.”

They both know he’s lying.

He always answers the phone.

#whump #rescue whump #homeless whump #kauri #erase to control #drabbles #whump request #anon request #tw: abuse justifications #emotional whump #I guess?#my writing #box boy #future kauri

73 notes · View notes

doorsblacksea · 2 years

Text

A scientific article supported by DOORS project was published in Diversity Journal.

Researchers from GeoEcoMar, Institute of Biology Bucharest of the Romanian Academy and Facultad de Ciencias del Mar y Recursos Biológicos, Universidad de Antofagasta, Chile collaborated on writing an article which reports the molecular identification of several gastropods and crustaceans based on DNA barcoding using COI gene sequencing and their distribution along the Lower Sector of the Danube River.

Image: Sediment sampling using a Van Veen grab (Sf. Gheorghe branch). © GeoEcoMar

For the last recent decades, the molecular approach based on DNA barcoding has become an important tool for biodiversity assessment worldwide, being suitable for the identification of species, to overcome the limitations of specimen identification based only on morphological characters. Gastropods and crustacean amphipods and mysids have a substantial function in riverine systems, playing key roles in water quality assessment and provide an important food source for some fish species.

Image: Selma Menabit from GeoEcoMar in the Lab performing DNA analysis. © GeoEcoMar

The accuracy of species identification by this method was highlighted in the cases of several specimens belonging to the same species of gastropods or crustaceans which clustered together in monophyletic groups. Moreover, this survey contributed to the first gastropod barcode dataset for the Romanian Danube sector.

Download the article here.

For more information click here.

#published

0 notes

scifigeneration · 6 years

Text

Scientists are using DNA to study ocean life and reveal the hidden diversity of zooplankton

by Ann Bucklin

Copepod with eggs (blue). Copepods are typically just a few millimeters long, but are important food sources for small fish. NOAA

Marine zooplankton are tiny animals, roughly the size of insects you might see on a summer day, that drift with ocean currents. Many of them are lovely, but except for scientists who study them, few people are aware that they are among the most numerous – and important – animals on Earth.

My research focuses on marine zooplankton, which I think of as “charismatic microfauna.” These minute organisms are key players in open ocean food webs and critical as they are the preferred food for many fish. Many species are thought to be found throughout the global ocean.

More than 7,000 species of zooplankton have been described, but we do not know how many total species exist. Since they are important food sources for larger fish, and respond rapidly to environmental shifts and climate change, knowing more about zooplankton is key for understanding the health of ocean ecosystems.

My laboratory has gained new insights into zooplankton diversity using inexpensive and easy-to-use DNA sequencing. These approaches are providing new tools to identify species. According to some estimates, there could be as many as 70,000 unknown and overlooked zooplankton species yet to be discovered.

The Norwegian research vessel GO Sars arriving in Reykjavik, Iceland, on a plankton sampling trip. Ann Bucklin (UConn), CC BY-ND

Key links in ocean ecosystems

The open ocean is the largest habitat by volume on Earth. Because marine zooplankton are so numerous and diverse, they help to create complex food webs with multiple pathways of who-eats-whom. But changes in environmental conditions, including global warming, can disrupt these systems by altering zooplankton diversity and distribution.

Currently, key zooplankton species are shifting poleward in search of cooler waters in a warming ocean. This is causing major disturbances to ocean ecosystems. For example, the cod fishery in the North Sea crashed after the zooplankton species that was the fish’s preferred prey was replaced by another closely related copepod species that moved north in response to global warming.

Events like this show that zooplankton can play critical roles in ocean ecosystems, even though scientists know very little about them, and may not appreciate the importance of a given species until it is gone.

Many factors make it challenging to measure marine zooplankton diversity. First, collecting samples from the deep sea is hard work. Research vessels operate around the clock, with scientists on board usually working two six-hour watches each day. We sample zooplankton using electronically operated, highly complex net systems.

Sampling deep sea zooplankton using a MOCNESS Multiple Opening Closing Net and Environmental Sensing System. Peter H. Wiebe, CC BY-ND

When the net is recovered, the samples contain many different species and the animals are usually still alive. They are carefully moved into trays for observation and species identification. In spite of the demanding schedule and hard work, I have loved going to sea and have been on many cruises, including stunning explorations of the polar regions of the Arctic and Antarctic Oceans.

For my research, samples collected at sea are quickly preserved for genetic analysis, which is usually done back in the lab. This is painstaking work. Zooplankton as a group are taxonomically complex, meaning that they include many difficult-to-identify and rare species. Also, many important marine organisms, including fishes, lack diagnostic characteristics in their immature (larval) stages.

Identifying zooplankton species with genetic markers

To understand, assess and manage marine ecosystems, it is critical to have information about the diversity of species that make them up. But acquiring this information using traditional methods is tedious, expensive and slow.

The job falls to expert morphological taxonomists, who may spend years learning to recognize subtle characteristics that mark differences between species. Since there are 7,000 described species of zooplankton spanning 15 phyla and more than 30 different groups, this work can involve large teams.

But molecular methods are providing important new insights. My laboratory group uses different molecular approaches to study population ecology, population genetics, species diversity and other questions about marine zooplankton.

One efficient approach is to use DNA barcodes – short sequences of DNA – to identify and distinguish species. To do this, we sequence the DNA from a genetic region that is known to occur in all zooplankton, but varies markedly from species to species.

DNA barcoding entails identifying the species by microscopic examination, taking a photograph of the specimen (ideally while alive), and sequencing the COI barcode gene region. Ann Bucklin, CC BY-ND

My laboratory has determined DNA barcodes for many zooplankton species. We use a portion of the mitochondrial cytochrome oxidase I (COI) gene, which is the most commonly sequenced gene region for analysis of species diversity among marine animals. The growing barcode database has been likened to a Rosetta Stone for species identification of global zooplankton. COI sequences for thousands of species of marine animals are now available. They create an invaluable reference library that can be used as a basis for next-gen environmental sequencing, also known as metabarcoding.

Using metabarcoding speeds up our work because we can sequence DNA from zooplankton samples without identifying individual specimens. This “high-throughput” DNA sequencing yields millions of sequences, or metabarcodes, that represent the target gene region for the entire sample. The resulting sequences can be identified by matching to a database of sequences for known zooplankton species.

Using metabarcoding to analyze zooplankton diversity routinely and reliably poses many challenges. However, a growing community of researchers is working to build reference databases that link DNA barcodes to species names for zooplankton collected anywhere and everywhere throughout the global ocean.

Schematic representation of the processes of DNA barcoding, left, and metabarcoding, right. Colored circles represent extracted genomic DNA, which is composed of the genome of one individual (barcoding) or of multiple copies of the genomes of all the species composing the samples (metabarcoding). Corell and Rodriguez-Ezpeleta, 2014., CC BY-ND

A global effort

Scientists expect that DNA barcoding and metabarcoding will significantly revise global estimates of zooplankton diversity. But we can only realize the remarkable promise of these approaches through global-scale conversation, cooperation and collaboration.

Several international collaborative efforts have paved the way. They include the 2004-2010 Census of Marine Zooplankton, which identified thousands of species and described hundreds of new species previously unknown to science. I am a member of the Working Group on Integrated Morphological and Molecular Taxonomy, which is carrying this work forward. Deeper insights into zooplankton biodiversity will provide a foundation for future research, monitoring and management of the largest habitat on Earth – the open ocean.

Ann Bucklin is a Professor of Marine Sciences at the University of Connecticut.

This article was originally published on The Conversation, a content partner of Sci Fi Generation.

#science!#earth science #science #genetics #dna

17 notes · View notes

xetnghiemadntruocsinh · 4 years

Text

Những người có nhu cầu thực hiện xét nghiệm ADN huyết thống

Nhiều người có nhu cầu thực hiện xét nghiệm ADN huyết thống nhưng băn khoăn không biết đâu là địa chỉ uy tín để đảm bảo độ chính xác, khách quan, bảo mật của kết quả xét nghiệm.

Bài viết dưới đây của Đại tá Hà Quốc Khanh Nguyên Giám đốc Trung tâm giám định ADN – Viện Khoa học Hình sự, Nguyên Phó Viện trưởng Viện Khoa học Hình sự – Bộ Công an – Người đi đầu trong lĩnh vực giám định ADN tại Việt Nam – Cố vấn chuyên môn cao cấp của GENTIS sẽ giúp nguời đọc có cái nhìn khách quan, đúng đắn trước khi đi làm xét nghiệm ADN huyết thống.

Ở Việt Nam, trong khoảng 20 năm trở lại đây xét nghiệm ADN để xác định quan hệ huyết thống không chỉ được thực hiện ở các cơ quan công lập mà còn được thực hiện ở cả các tổ chức xã hội, các công ty dịch vụ. Điều đó phản ánh nhu cầu tất yếu của người dân và xã hội trong thời kỳ mở cửa và hội nhập.

Tuy nhiên, xét nghiệm ADN huyết thống là một lĩnh vực khá nhạy cảm, yêu cầu đơn vị thực hiện phải đáp ứng các tiêu chí khắt khe về: Thiết bị, công nghệ và học thuật. Dựa trên nghiên cứu và kinh nghiệm trên 30 năm của mình, tôi xin chia sẻ một số thông tin giúp mọi người có thêm kiến thức về các nội dung cơ bản của một kết quả xét nghiệm và lựa chọn đơn vị cung cấp dịch vụ phân tích ADN tốt nhất.

Về bộ kit xét nghiệm

Hiện nay trên thế giới các nước đang sử dụng khá nhiều các bộ kit khác nhau với số lượng các locus trong mỗi bộ kit cũng khác nhau dùng để xác định các mối quan hệ huyết thống khác nhau, chẳng hạn các kit phân tích autosomal STR để xác định mối quan hệ huyết thống cha – con, mẹ – con; kit phân tích trên nhiễm sắc thể Y để xác định quan hệ huyết thống theo dòng nội, phân tích trên nhiễm sắc thể X để xác định mối quan hệ bà nội – cháu gái hay chị em gái, hoặc phân tích ADN ti thể để xác định quan hệ huyết thống theo dòng mẹ

Các bộ kit này được sản xuất bởi một số hãng lớn như Applied Biosystems, Promega (Mỹ), Qiagen (Đức); ngoài ra còn có một số bộ kit do Trung Quốc sản xuất nhưng chỉ được sử dụng tại Trung Quốc. Các hãng khác nhau, tên gọi bộ kit cũng khác nhau, có những khác biệt nhau ở một số locus nhưng kết quả phân tích trên cùng một đối tượng sẽ phải cho kết giống nhau. Các bộ kit này thường có số lượng 10 locus, 13 locus, 16 locus, 24 locus…; thậm trí hãng Illumina (Mỹ) còn đưa vào sử dụng bộ kit Forensic DNA Signature Prep Kit có tới 233 locus được tích hợp từ các locus STR và SNP….Việc sử dụng bộ kit nào là do sự chọn của mỗi phòng xét nghiệm và yêu cầu của từng vụ việc cụ thể. Tất nhiên, khi sử dụng bộ kit có nhiều locus hơn thì sẽ cho độ tin cậy cao hơn.

Nội dung trên tờ kết quả xét nghiệm

Theo thông lệ quốc tế, nội dung của bản kết quả xét nghiệm ADN phải có được những nội dung cơ bản như: Tên phòng xét nghiệm, địa chỉ, điện thoại (e-mail) liên hệ. Các mẫu xét nghiệm phải được ký mã hiệu riêng (barcode)…Điều đặc biệt quan trọng là tên bộ kit phải được thể hiện, công nghệ được ứng dụng trong phân tích, cơ sở dữ liệu dùng trong tính toán độ tin cậy và những người chịu trách nhiệm về kết quả phân tích ký tên (hoặc đóng dấu).

Thế nhưng, tại Việt Nam, lĩnh vực xét nghiệm ADN có hiện tượng “trăm hoa đua nở” với những quảng cáo hấp dẫn làm cho làm cho khách hàng bị “nhiễu” thông tin, không biết đâu là thật, đâu là giả và chất lượng của các trung tâm xét nghiệm như thế nào là câu hỏi còn đang bỏ ngỏ.

Câu chuyện có thật: Xét nghiệm cha – con, 2 trung tâm 2 kết quả khác nhau

Ở một phòng xét nghiệm, khi xét nghiệm ADN để các định quan hệ huyết thống cha – con cho khách hàng bằng bộ kit có 16 locus thấy có sự sai khác ở 1 locus giữa bố và con và đã kết luận Không có quan hệ huyết thống? Vậy kết luận này đã bảo đảm tính chính xác chưa? Khách quan mà nói, trong trường hợp này nếu kết luận có hoặc không có quan hệ huyết thống đều chưa đủ cơ sở để kết luận.

Đương nhiên khách hàng không bằng lòng với kết luận này và tiếp tục gửi mẫu đến một cơ sở xét nghiệm khác để phân tích lại. Tại đây mẫu được phân tích bằng bộ kit có 24 locus nhưng lại xuất hiện thêm 1 locus nữa có sự sai khác giữa bố và con (tức sai khác 2 locus trong 1 bộ kit) và phòng xét nghiệm này đã kết luận Có quan hệ huyết thống mà không dựa trên một chứng minh cụ thể nào. Thế là đã có sự khác biệt giữa 2 bản kết quả xét nghiệm. Vậy khách hàng nên tin vào ai?

Phân giải trong trường hợp: 2 trung tâm 2 kết quả

Từ ví dụ trên cho thấy, để giải quyết sự mâu thuẫn giữa 2 bản kết quả xét nghiệm này cần phải có một số giải pháp kỹ thuật cụ thể. Trước hết, sự sai khác ở các locus giữa bố và con cần phải xác định xem có phải do đột biến hay không, hay là sai khác thật. Theo các nghiên cứu khoa học đã được đăng tải trên các tài liệu quốc tế cho thấy bất kỳ locus STR nào đều có thể xẩy ra đột biến. Tỷ lệ đột biến chung cho các locus này là 1/1000. Khi đã khẳng định được sự sai khác ở 1 hoặc 2 locus nào đó giữa bố và con là do đột biến gây nên thì khi tính chỉ số quan hệ huyết thống PI (Paternity Index) phải tính cả hệ số đột biến µ (Muy) cho locus đó mà không được bỏ qua.

Vậy vấn đề đặt ra là giữa bố và con có sai khác bao nhiêu locus thì được loại trừ. Điều này còn tùy thuộc vào bộ kit mà phòng xét nghiệm sử dụng để phân tích. Theo các chuyên gia trong lĩnh vực giám định ADN hình sự quốc tế khi phân tích các bộ kit có từ dưới 16 locus STR thì phải có tối thiểu từ 2 đến 3 locus sai khác trở lên giữa bố và con, thậm trí có những bang ở Mỹ còn quy định cụ thể phải có từ 4 locus sai khác trở lên thì mới được phép kết luận loại trừ.

Các chỉ số trong bản kết quả xét nghiệm phải có đầy đủ kiểu gen của bố và con (cả mẹ, nếu có) của từng locus. Trong trường hợp loại trừ thì không tính chỉ số PI. Ngược lại nếu thỏa mãn điều kiện bố và con cho nhận đầy đủ các alen của các locus thì phải tính chỉ số PI cho từng locus đó. Và cuối cùng phải tính tổ hợp CPI (Combined Paternity Index) từ các PI. Từ đó suy ra được độ tin cậy của mối quan hệ bố con từ kết quả xét nghiệm. Thông thường chỉ số tin cậy W ≥ 99,9% là kết luận có quan hệ huyết thống.

Tại sao lại phải tính chỉ số CPI? Chỉ số CPI chỉ ra rằng các chỉ thị di truyền (alen) của người con và người bố giả định là mối quan hệ của bố đẻ, con đẻ chứ không phải là của một người đàn ông ngẫu nhiên khác trong quần thể. Do vậy chỉ số CPI và chỉ số tin cậy phải được thể hiện trong bản kết quả xét nghiệm.

Ngược lại, bản kết quả xét nghiệm chỉ thể hiện kiểu gen của bố và con, nếu thấy có cho nhận đầy đủ alen giữa bố và con đã kết luận có quan hệ huyết thống mà không tính chỉ số CPI thì chưa bảo đảm tính khoa học. Trên thực tế, các nhà chuyên môn đã cảnh báo rằng hai người không hề có quan hệ huyết thống bố con cũng có thể cho nhận tất cả các alen của bộ kit 16 locus một cách ngẫu nhiên, đấy là chưa kể tới những người có quan hệ họ hàng gần gũi. Và các nhà chuyên môn coi đây là một “cái bẫy” trong xét nghiệm huyết thống khi sử dụng bộ kit có số lượng locus STR hạn chế. Từ thực tế này, xu hướng tất cả các phòng xét nghiệm đều sử dụng bộ kít có từ 20 locus trở lên.

Lời kết cho những người có nhu cầu thực hiện xét nghiệm ADN huyết thống

Khi quyết định lựa chọn thực hiện xét nghiệm ADN để xác định huyết thống ở bất kỳ đơn vị nào, bạn cần tìm hiểu kỹ càng về các thông tin: Trang thiết bị, công nghệ, học thuật, có đăng ký thực hiện dịch vụ được cơ quan quản lý cấp, đặc biệt bộ kít sử dụng nên có từ 20 locus trở lên,…

>> Xem thêm: xét nghiệm adn bao nhiêu tiền?

0 notes

xetnghiemhuyetthong · 4 years

Text

Xét nghiệm cha – con, 2 trung tâm 2 kết quả khác nhau

Về bộ kit xét nghiệm

Nội dung trên tờ kết quả xét nghiệm

Câu chuyện có thật: Xét nghiệm cha – con, 2 trung tâm 2 kết quả khác nhau

Phân giải trong trường hợp: 2 trung tâm 2 kết quả

Lời kết cho những người có nhu cầu thực hiện xét nghiệm ADN huyết thống

>> Xem thêm: xét nghiệm adn bao nhiêu tiền?

0 notes

giamdinhadn · 4 years

Text

Điều cần biết về kết quả xét nghiệm ADN huyết thống trước khi thực hiện

Về bộ kit xét nghiệm

Nội dung trên tờ kết quả xét nghiệm

Câu chuyện có thật: Xét nghiệm cha – con, 2 trung tâm 2 kết quả khác nhau

Phân giải trong trường hợp: 2 trung tâm 2 kết quả

Lời kết cho những người có nhu cầu thực hiện xét nghiệm ADN huyết thống

>> Xem thêm: xét nghiệm adn bao nhiêu tiền?

0 notes

giamdinhhaicot24h · 4 years

Text

Địa chỉ uy tín để đảm bảo độ chính xác, khách quan, bảo mật của kết quả xét nghiệm

Về bộ kit xét nghiệm

Nội dung trên tờ kết quả xét nghiệm

Câu chuyện có thật: Xét nghiệm cha – con, 2 trung tâm 2 kết quả khác nhau

Phân giải trong trường hợp: 2 trung tâm 2 kết quả

Lời kết cho những người có nhu cầu thực hiện xét nghiệm ADN huyết thống

>> Xem thêm: xét nghiệm adn bao nhiêu tiền?

0 notes

xetnghiemadn24 · 4 years

Text

Người đi đầu trong lĩnh vực giám định ADN tại Việt Nam

Về bộ kit xét nghiệm

Nội dung trên tờ kết quả xét nghiệm

Câu chuyện có thật: Xét nghiệm cha – con, 2 trung tâm 2 kết quả khác nhau

Phân giải trong trường hợp: 2 trung tâm 2 kết quả

Lời kết cho những người có nhu cầu thực hiện xét nghiệm ADN huyết thống

>> Xem thêm: xét nghiệm adn bao nhiêu tiền?

0 notes

yoitssabrinee · 7 years

Text

Respite

HAPPY BIRTHDAY, @inconsistencys!!! MY FIRST FRIEND ON TUMBLR SINCE I JOINED THE FANDOM AND SHE’S NOW CELEBRATING ANOTHER YEAR SHE GET TO SPEND IN HER LIFE!

I owe her so much for bringing a good spark for my writing, her blog was among the first of the firsts I’ve ever stalked seen and browsed through when I first came to this fandom. A very very chill person and very very nice too! Also very adorable and Prompto would be a real lucky dude to have you as his life partner! <3

HERE’S YOUR BIRTHDAY PRESENT, EM! I KNOW IT’S NOT MUCH BUT FSJHFAD I HOPE YOU LIKE IT!!!! <33

Prompto Argentum x Reader.

The walk back home felt long, somehow. Long, and warm, and sweltering, and far too hot for your liking. And the heat from the asphalt had somehow seeped into your shoes, warming your feet, and causing sweat to accumulate beneath the unfortunately thick socks you chose to wear on that particular day; many a time, you’ve slipped on cement, not from the slope of the ground as it led you uphill, then downhill, away from the hell that was your college campus, but from slipping on the sweat absorbed by your socks.

Because fuck Saturdays, really--who the hell thought of making replacement classes on a goddamn weekend?

Your climb up the steps to your apartment felt somewhat sluggish and slow, becoming even slower the more you thought about how soft your bed would feel like under your body once you've thrown yourself into it. Cool sheets, pillows that felt like feathers under your heat, the warmth of another body cradling you or being cradled by you... you nearly sigh at the thought, fingers fumbling for the keys as soon as you reached the door with the nameplate ARGENTUM fixed over it, wanting no more than to fling yourself into oblivion and forget about the rest of the world for a while.

The lock opened without resistance; someone had forgotten to keep it locked. Brows furrowed, you pushed the door open, only to be met with total darkness.

It was--black. Pitch black, and it took your eyes a moment to adjust in the dark, making out the vestibule which was somehow clean and not cluttered with a plethora of shoes and umbrella like how you'd left it earlier in the morning. You make out a pair of boots, neatly tucked to the side, somehow not upside down and in one perfect pair of two instead of one. And everything smelled--clean.

You did a double take, and sniffed the air again.

Was that... lavender, that you smelled?

Lavender, and probably a bit of sage, and some hints of roses and jasmine mixed in, and other things you thought you knew but couldn’t name. Milk, and an assortment of cinnamon and other spices you couldn't make out as well. All your favorite scents, all in one place.

Despite all the calming scents, it didn't stave off the wave of suspicion and anticipation that was beginning to build inside you.

Your suspicion heightened the moment soft music began to play in the dark background.

"Prompto?" you called, shutting the door and letting black engulf you, trusting the map your eyes made earlier to guide you through as you dropped your shoes and sweat-stained socks at the vestibule. Somehow, the silence made your hesitation all the more apparent; you were scared to venture forward. "Baby? Are you home?"

All at once, every bit of light available in the house began to illuminate, and it was so sudden, and so blinding that you had to close your eyes for a moment, then opening them to adjust again.

The music was still playing in the background; you took note of the beat and tempo of the sound, coming to the realization that—your favorite song was on.

Suddenly giddy and with some hesitation left, you stepped forward, following the sound which led you straight to your living room.

And your jaw went slack.

What you thought was the crisp white blanket you’ve just put in the dryer in this morning was hung over the floor—cleared of sofas and that ugly coffee table Prompto insisted you get, for aesthetic purposes—forming some sort of canopy that shielded the fluorescent light away from the cascade of pillows littering soft comforters spread all over. In between a mountain of the plush, feathery objects were snacks, chocolate bars, bottles of cold drinks, cans of sodas—every type of junk food you could ever think of, it was there. And that wasn’t all of it—

Just as you took note of something red scattered all over the comforters, pillows and snacks, arms circled you from behind, hot breath on your ear as a voice whispered. “Hey beautiful,” it said. “Like what you see?”

“No,” you giggled, hands tugging on the arms around you to make yourself snug in them, and the voice behind giggled along. “I love it.”

“Good,” it said, and then a body with a blond head circled to your front and—oh. Oh.

Fighting back a blush and a grin, you put your arms around his neck, pulling him closer to yourself as your brows furrowed, taking him in from head to toe. “Wow,” you breathed, feeling somewhat coy and a little giddy inside. “You’re more handsome than I thought you are. What’s the occasion, somebody died?”

“Em, seriously?” he laughed, rounding your figure with both arms as he tugged you closer still. “This is one of my best hoodies, okay! And what do you mean by, more handsome than you thought I am? I thought I’m always handsome in your eyes?”

He was always, you thought, but you seriously never thought he could look better still. Despite his occupation with the Crown insisting that he wear the color, a black hoodie fitted his physique like a glove, showing off the pronounced pectorals of his toned body despite being clad in thick cotton. The pesky bandana usually tied round his right bicep was gone, and you noticed that he had forgone wearing the usual bracelets that covered the unusual barcode tattoo on his wrist.

He was also gloveless, which meant he was embracing you fully in contact with your body without the barrier of leather and metal studs.

You were liking this more than you thought you could.

“I do think you are,” you said, voice lower so as to sound as romantic as you could. “You always, always are. Don’t need to dress up for me to know that you’re hot.”

He giggled, and his flushing cheeks reminded you of how much you were—are—still in love with him.

Fuck, do you love him.

“Yeah,” he said, a little bit breathless as he rested his forehead on yours, and he closed his eyes just as you closed yours, savoring the moment. “I know. Welcome home, babe, and happy birthday.”

All of a sudden, everything made sense. The blanket fort, the pillows, the snacks and drinks scattered all over the duvet spread on the floor and—you eyed over his shoulder—the scattering of rose petals that formed the words HAPPY BIRTHDAY as well as your favorite song playing from the home stereo, and all your favorite scents: lavender and milk and honey—

You dug your nails into his scalp and nearly sent him crashing into you as you crashed your lips on his.

And the appreciative moan coming from you was enough confirmation for him.

#dfhsdjflfjdsbdf #i love em ok #like she's a frikkin diva whose writing is wayyyy out of my league and ajshfjdsk #she's precious #so so precious #pls protec #prompto argentum #prompto #ffxv #final fantasy xv

33 notes · View notes